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J-GLOBAL ID：202002265728488290   整理番号：20A0775183

Pseudomonas fluorescensの3コンパートメントゲノムスケール代謝モデルの再構築と分析【JST・京大機械翻訳】

Reconstruction and analysis of a three-compartment genome-scale metabolic model for Pseudomonas fluorescens

著者 (2件)： Huang Xiaoyan (Department of Chemical and Biological Engineering, University of Saskatchewan, Saskatoon, Saskatchewan, Canada) ,  Lin Yen-Han (Department of Chemical and Biological Engineering, University of Saskatchewan, Saskatoon, Saskatchewan, Canada)
資料名： Biotechnology and Applied Biochemistry  (Biotechnology and Applied Biochemistry)
巻： 67  号： 1  ページ： 133-139  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0058A  ISSN： 0885-4513  CODEN： BABIEC  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多目的な代謝多様性により,Pseudomonas fluorescensは石油芳香族炭化水素(PAH)バイオレメディエーションにおける潜在的候補である。ゲノムスケール代謝モデル(GSMM)は,微生物活性を改善するための代謝工学戦略の開発を導くための系統的な情報を提供することができる。本研究では,P.fluorescens SBW25のGSMMを再構築し,lCW1057と命名した。再構成は自動再アノテーションと手動カーレーションに基づいた。ペリプラズムコンパートメントを構築し,プロトン勾配プロファイルをより良く表した。再構成されたプロトン輸送鎖は,11/8の呼吸鎖比により消費された原子酸素当たりに生成されたP/O(ATP)を有していた。フラックスバランス分析(FBA)を行い,全細胞代謝流を調べた。モデルは,Embden-Meyerhof-Parnas経路の代わりに,Entner-Doudorff経路がP.fluorescensの解糖代謝に使用され,P.fluorescensの成長がよりエネルギー依存性であることを示した。さらに,P.fluorescensは,グルコース代謝のための末端電子受容体として硝酸塩を使用することができる。β-ケトアジピン酸経路はカテコール代謝に関与した。酸素の取り込みは芳香環開裂に必須である。in silicoおよびin vitroでの最大比増殖速度を比較し,カテコールを唯一の炭素源として用いたとき,10%の差が得られた。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 開環反応 ,  石油 ,  プロトン移動 ,  ペリプラズム ,  解糖 ,  in vitro実験 ,  *Pseudomonas ,  バイオレメディエーション ,  *蛍光菌 ,  酸素 ,  陽子 ,  アノテーション ,  解糖系 ,  硝酸塩 ,  *ゲノム

著者キーワード (4件)： ゲノム規模の代謝モデル ,  Pseudomonas fluorescens ,  カテコール ,  バイオレメディエーション

分類 (1件)： 細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (5件)： Pseudomonas ,  代謝 ,  モデル ,  再構築 ,  分析