骨格遺体におけるDNA保存を評価するための予備スクリーニング法としてのデータ操作と組み合わせたATR-FTIR分光法【JST・京大機械翻訳】

Leskovar Tamara; Zupanic Pajnic Irena; Gersak Ziva Miriam; Jerman Ivan; Cresnar Matija

文献

J-GLOBAL ID：202002266004048277 整理番号：20A0019106

骨格遺体におけるDNA保存を評価するための予備スクリーニング法としてのデータ操作と組み合わせたATR-FTIR分光法【JST・京大機械翻訳】

ATR-FTIR spectroscopy combined with data manipulation as a pre-screening method to assess DNA preservation in skeletal remains

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資料名：
巻： 44 ページ： Null 発行年： 2020年
JST資料番号： W3148A ISSN： 1872-4973 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

骨格は,DNAを含む様々な分析を一般的に受けている。生物の死の後,残されているままで,それらの物理化学的構造は変化を受ける。DNA分析の成功と完全性は,このように試料の保存状態により調整される。本研究では,更なるデータ探索によるATR-FTIR分光法を用いて,試料の物理化学的構造とDNAの保存状態との相関を特性化した。ATR-FTIRで得られたスペクトルは,残留物中のDNAの保存に基づく試料の分類を可能にする十分な情報を含むという仮説を試験することを目的とした。本研究では,16世紀BCから21世紀ADまでの138人のヒト骨と歯を用いた。試料を精製し,DNA抽出のための確立した方法論的手順に従って粉末化した。DNAを抽出し,定量した。試料を定量化DNA量に基づいて4つのカテゴリーに分離した。残りの粉末をATR-FTIR分光法で分析し,得られたスペクトルを物理化学的情報を抽出するために探究した。得られたデータの調査の前に,サンプルをグループA(n=107)とB(n=31)に分割した。統計解析と機械学習をグループAサンプルで実行した。次に,このプロトコルをグループBサンプルについて検証し,それにより,残留物中のDNAの保存に関する予測を行った。最良の結果は,正規化スペクトル,二次微分スペクトル,または五つの最高ランク比のいずれかを用いたランダムフォレスト学習アルゴリズムを用いて達成された。重複しているとしても,これらの知見は,データのさらなる探査によるATR-FTIR分光法が骨格残留物におけるDNA保存を評価するための予備スクリーニング法として良好な可能性を有することを示している。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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核酸一般

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