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J-GLOBAL ID：202002266266437496   整理番号：20A1018297

局所Markovモデルと移動エントロピーにより明らかにされたカルシウムセンサにおける立体配座スイッチの結合【JST・京大機械翻訳】

Coupling of Conformational Switches in Calcium Sensor Unraveled with Local Markov Models and Transfer Entropy

著者 (6件)： Hempel Tim (Department of Mathematics and Computer Science, FU Berlin, Germany) ,  Hempel Tim (Department of Physics, FU Berlin, Germany) ,  Plattner Nuria (Department of Mathematics and Computer Science, FU Berlin, Germany) ,  Noe Frank (Department of Mathematics and Computer Science, FU Berlin, Germany) ,  Noe Frank (Department of Physics, FU Berlin, Germany) ,  Noe Frank (Department of Chemistry, Rice University, Texas, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 16  号： 4  ページ： 2584-2593  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質はしばしば,シグナル伝達機能を実現するために,互いに結合した複数のスイッチングドメインとリガンドの結合を有する。ここでは,神経伝達物質放出機構におけるカルシウムセンサ,Synaptotagmin-1(Syt-1)のC2AドメインおよびC2膜結合ドメインの大きなファミリーに対するモデル系を検討した。立体配座スイッチングドメイン,それらの状態,及びそれらの結合カルシウムイオンへの依存性をモデル化するために,Markovモデリングと広範な分子動力学(MD)シミュレーションを組み合わせた。次に,移動エントロピーを用いて,スイッチングドメインが指向性またはアロステリック機構を介してどのように結合され,蛋白質のカルシウム感知機能をもたらすかを特性化した。提案したスイッチング機構は神経伝達物質放出機構の理解に寄与する。さらに,著者らが開発した方法論的アプローチは,立体配座スイッチングドメインを解析するためのテンプレートとして役立ち,高分子マシンにおけるそれらの結合の広範な研究を行った。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  スイッチング ,  *立体配座 ,  *カルシウム ,  アロステリック効果 ,  タンパク質 ,  結合部位 ,  指向性 ,  キャラクタリゼーション ,  分子動力学 ,  細胞情報伝達
準シソーラス用語： 分子機械 ,  *Markovモデル ,  カルシウムイオン ,  カルシウムセンサ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (4件)： Markovモデル ,  移動エントロピー ,  カルシウムセンサ ,  立体配座