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J-GLOBAL ID：202002266835114391   整理番号：20A2730688

化学自由エネルギー法を用いた最適配位子成長ベクターの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Optimal Ligand Growth Vectors Using an Alchemical Free-Energy Method

著者 (3件)： Wade Alexander D. (TCM Group, Cavendish Laboratory, University of Cambridge, United Kingdom) ,  Huggins David J. (Tri-Institutional Therapeutics Discovery Institute, United States) ,  Huggins David J. (Department of Physiology and Biophysics, Weill Cornell Medical College of Cornell University, New York, United States)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 60  号： 11  ページ： 5580-5594  発行年： 2020年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,改善された立体接触と増強された結合自由エネルギーを有する阻害剤を合理的に設計する新しい方法を示した。この新しい方法は,その結合親和性を最大化するために,蛋白質-配位子複合体中の小分子のvan der Waals相互作用を迅速に最適化するために,化学単一段階摂動計算を用いる。最適化器の結果を用いて,配位子上の有益な成長ベクトルを予測し,最適化器からの予測とより厳密な自由エネルギー計算の間に良好な一致を見出し,Spearmanの順位相関が0.59であった。ここで示した方法の利点は,従来の自由エネルギー計算および評価した成長ベクトルの数によるサブ線形スケーリングと比較して10倍以上の重大な速度であった。実験データが利用できる場合,最適化者によって強調された部位での水素からメチル基への突然変異がMBARで計算され,結合自由エネルギーの実験値と計算値の間の平均帰属誤差が0.83kcal/molであった。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  最適化 ,  ベクトル ,  水素 ,  タンパク質 ,  突然変異 ,  複合体 ,  摂動 ,  小分子 ,  *ベクター
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  メチル基 ,  結合自由エネルギー ,  計算値 ,  自由エネルギー計算 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 化学 ,  自由エネルギー ,  配位子 ,  成長 ,  ベクター ,  同定