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J-GLOBAL ID：202002267038263283   整理番号：20A1837253

配列タグのハイスループットシークエンシングによる高効率同定点突然変異モノクローナル細胞【JST・京大機械翻訳】

Efficient identification of point-mutant monoclonal cells through array tagged high-throughput sequencing

著者 (4件)： Han Ling (中国医学科学院基礎医学研究所 北京協和医学院基礎学院 医学分子生物学国家重点実験室,北京,100005) ,  Yang Ke (中国医学科学院基礎医学研究所 北京協和医学院基礎学院 医学分子生物学国家重点実験室,北京,100005) ,  Xue Zheng (中国医学科学院基礎医学研究所 北京協和医学院基礎学院 医学分子生物学国家重点実験室,北京,100005) ,  Lv Xiang (中国医学科学院基礎医学研究所 北京協和医学院基礎学院 医学分子生物学国家重点実験室,北京,100005)
資料名： Jichuyixue Yulinchuang  (Jichuyixue Yulinchuang)
巻： 40  号： 7  ページ： 903-911  発行年： 2020年 
JST資料番号： C2932A  ISSN： 1001-6325  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的:配列タグ標識のハイスループットシークエンシング法を確立し、ポリクローナルプレスクリーニングと合わせて、点突然変異モノクローナル細胞株の高効率同定を実現する。方法:CRISPR/Cas9媒介相同組換え修復(HDR)により、K562細胞のrs826415部位にGからT点突然変異を導入した。選択細胞は1020個ずつの密度を接種してポリクローナルを培養し、タグ(barcode)を持つプライマーで各ポリクローナル細胞を区別し、PCRでrs826415部位を含むセグメントを増幅し、産物は二世代のシークエンシングを行った。バイオインフォマティクスにより、各ポリクローナル細胞の相同組換え率及び挿入/欠失率を分析した。陽性率が最も高い孔内の細胞をさらに単一クローン培養し、遺伝子型を同定した。結果:CRISPR/Cas9相同組換え法と有限希釈により96個のrs826415部位を標的としたポリクローナル細胞を得た。配列タグのハイスループットシークエンシング法により、各ホール細胞の相同組換えと挿入/欠失(HDRwithoutindel)を伴わない比率を分析し、96個のポリクローナルの平均陽性率は0.21%で、最高は4.35%に達し、このポリクローナル細胞をさらに単クローン培養する。rs826415遺伝子座のG/G突然変異がT/Gのヘテロ接合型細胞株を30の単クローンから成功裏に得た。結論:配列タグのハイスループットシークエンシング戦略とポリクローナル細胞プレスクリーニングにより、部位特異的突然変異モノクローナル細胞株の高効率同定を実現し、従来の方法に比べ、仕事量とコストを著しく低下させた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ヘテロ接合 ,  希釈 ,  遺伝子型 ,  *突然変異 ,  クローン ,  *点突然変異 ,  部位特異的変異誘発 ,  相同組換 ,  K562細胞
準シソーラス用語： 細胞株 ,  *配列解析 ,  高効率 ,  バイオインフォマティクス ,  *ハイスループット ,  Cas9 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： タグ ,  高効率 ,  同定 ,  点突然変異 ,  細胞