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J-GLOBAL ID：202002267212777157   整理番号：20A0070275

乳癌における潜在的転移関連機能を有するヒトCdh4遺伝子内の新規マイクロRNA:HSA-miR-B43のバイオインフォマティクス予測と実験的検証【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics prediction and experimental validation of a novel microRNA: hsa-miR-B43 within human CDH4 gene with a potential metastasis-related function in breast cancer

著者 (8件)： Rahimi Azadeh (Department of Genetics and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran) ,  Sedighi Rina (Department of Genetics and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran) ,  Emadi-Baygi Modjtaba (Department of Genetics, Faculty of Basic Sciences, Research Institute of Biotechnology, Shahrekord University, Shahrekord, Iran) ,  Honardoost Mohammad-Amin (Department of Genetics and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran) ,  Mowla Seyed-Javad (Department of Molecular Genetics, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran) ,  Khanahmad Hossein (Department of Genetics and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran) ,  Nikpour Parvaneh (Department of Genetics and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran) ,  Nikpour Parvaneh (Child Growth and Development Research Center, Research Institute for Primordial Prevention of Non-communicable Disease, Isfahan, Iran)
資料名： Journal of Cellular Biochemistry  (Journal of Cellular Biochemistry)
巻： 121  号： 2  ページ： 1307-1316  発行年： 2020年 
JST資料番号： D0326B  ISSN： 0730-2312  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 短い非コードRNAのクラスとして,マイクロRNA(miRNA)は遺伝子発現の調節において重要な役割を果たす。乳癌を含む種々の癌型における現在同定されているmiRNAの調節的役割は良く報告されているが,まだ発見されていないmiRNAが多い。本研究の目的は,以前に発表された論文(PMID:21346806)に導入された189の潜在的に新しいmiRNAのリストを生物情報学的に再分析し,乳癌細胞におけるhsa-miR-B43の存在と機能を実験的に調査することであった。189の潜在的miRNAの配列を,miR塩基データベースにおいて再チェックした。それらのゲノム位置と保存を,California Santa Cruz(UCSC)ゲノムブラウザの大学で評価した。SSCプロファイラ,RNAfold,miRNAFold,MiPred,およびFOMmiRバイオインフォーマティクスツールをさらに利用して,潜在的ヘアピン構造を探索し,擬似ones.hsa-miR-B43から実際のmiRNA前駆体を識別し,最終的に実験室検証のための最良候補の1つとして選択した。hsa-miR-B43の発現と機能を,リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応,臭化3-(4,5-ジメチルチアゾール-2-イル)-2,5-ジフェニルテトラゾールイウム,および創傷治癒分析によって調べた。DIANA-マイクロT,RNAハイブリッドおよびEnrichrツールを用いてmiRNA標的遺伝子を予測し,更なる濃縮分析を行った。著者らは,癌細胞系における実際の新規miRNAとして,hsa-miR-B43の外因性および内因性発現を検出することができた。遺伝子オントロジー濃縮,経路解析および創傷治癒アッセイ結果は,転移関連機能がhsa-miR-B43に割り当てられることをさらに確認した。著者らの結果は,新しい機能的miRNAとしてhsa-miR-B43を導入し,それは転移過程において役割を果たす可能性がある。さらなる研究は,他の癌型におけるhsa-miR-B43の存在と機能を完全に調査するために必要である。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  データベース ,  *ヒト ,  前駆体 ,  ゲノム ,  遺伝子発現 ,  リアルタイムPCR法 ,  腫瘍細胞 ,  *遺伝子 ,  創傷治癒 ,  *乳房腫瘍 ,  ヘアピン構造
準シソーラス用語： *マイクロRNA ,  非翻訳RNA ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： バイオインフォマティクス ,  乳癌 ,  転移 ,  マイクロRNA

分類 (4件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  細胞生理一般  (EF02010S) ,  生物学的機能  (EB04020F)

タイトルに関連する用語 (10件)： 乳癌 ,  ヒト ,  CDH4遺伝子 ,  マイクロRNA ,  HSA ,  MIR ,  バイオインフォマティクス ,  予測 ,  実験 ,  検証