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J-GLOBAL ID：202002268106932750   整理番号：20A2285359

ハイスループット配列決定により同定された極性鎖の両方におけるハンマーヘッドリボザイムを含む新規イチジク関連ウイロイド様RNA【JST・京大機械翻訳】

Novel Fig-Associated Viroid-Like RNAs Containing Hammerhead Ribozymes in Both Polarity Strands Identified by High-Throughput Sequencing

著者 (5件)： Olmedo-Velarde Alejandro (Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawai‘i at Manoa, Honolulu, HI, United States) ,  Navarro Beatriz (Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Bari, Italy) ,  Hu John S. (Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawai‘i at Manoa, Honolulu, HI, United States) ,  Melzer Michael J. (Plant and Environmental Protection Sciences, University of Hawai‘i at Manoa, Honolulu, HI, United States) ,  Di Serio Francesco (Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Bari, Italy)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 11  ページ： 1903  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット配列決定(HTS)データに基づいて,ハワイ諸島で生育したイチジク樹に関連したビロイド様RNA(Vd-LRNA)の存在を予測した。これらのRNAの1つを357から360ヌクレオチドのサイズの円形RNAとして特性化した。イチジクハンマーヘッドビロイド様RNA(FHVd-LR)と暫定的に命名されたこのRNAの構造的および生化学的特徴は,それぞれ,それらの宿主を自律的に感染し,ヘルパーウイルスとの組み合わせに感染する非蛋白質コードRNAである,いくつかのビロイドおよびビロイド様サテライトRNA(Vd-LsatRNA)に対して以前に報告されたものと著しく似ている。FHVd-LR変異体の全長配列をRT-PCR,クローニングおよび配列決定により決定した。既知ビロイドとVd-LsatRNAとの全体的な配列同一性が低いにもかかわらず,FHVd-LRは各極性鎖においてハンマーヘッドリボザイム(HRz)を含む。ノーザンブロットハイブリダイゼーションアッセイは,FHVd-LRの両極性鎖の円形および線形型を同定し,1つの鎖が(+)極性を帰属し,in vivoで(-)極性鎖より高いレベルで蓄積することを示した。(+)極性RNAは,互いに反対に位置するHRzの保存ドメインを有する最小自由エネルギーの棒状二次構造を仮定し,いくつかのビロイドとVd-LRNAに典型的な特徴である。両FHVd-LR極性鎖のHRzsは転写時にin vitroで活性であり,予測部位でRNAを自己開裂することを示した。これらデータは,クローン化および配列決定した完全長変異体で観察される配列変動性と共に,FHVd-LRが新しいビロイドまたはVd-LsatRNAであることを示す。HTSデータによると,同じホストにおける異なるサイズのFHVd-LRの共存は除外できない。FHVd-LRと以前報告されたviroidsおよびVd-LsatRNAsの関係,およびこの円形RNAの生物学的性質を決定的に明らかにするためにバイオアッセイを行う必要性について論じた。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *RNA【核酸】 ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  バイオアッセイ ,  二次構造 ,  *イチジク ,  *ウイロイド ,  クローン ,  in vitro実験 ,  *リボザイム ,  RT-PCR法 ,  ノーザンブロット法
準シソーラス用語： *ハイスループット ,  クローニング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 環状RNA ,  感染性RNA ,  Ficus carica ,  次世代シークエンシング ,  非コードRNA ,  リボザイム ,  ウイロイド ,  ウイロイド

分類 (2件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (57件)：

• Ale-Agha G. N., Rakhshandehroo F. (2014). Detection and molecular variability of fig fleck-associated virus and fig cryptic virus in Iran. J. Phytopathol. 162 417-425. doi: 10.1111/jph.12204
• Alioto D., Zaccaria F., Covelli L., Di Serio F., Ragozzino A., Milne R. G. (2003). Light and electron microscope observations on chlorotic rusty spot, a disorder of cherry in Italy. J. Plant Pathol. 85 215-218. doi: 10.4454/jpp.v85i3.1033
• Biebricher C. K., Eigen M. (2006). What is a quasispecies? Curr. Top. Microbiol. 229 1-31. doi: 10.1007/3-540-26397-7_1
• Candresse T., Hammond R. W., Hadidi A. (1998). “"Detection and identification of plant viruses and viroids using polymerase chain reaction (PCR),"” in Plant Virus Disease Control, eds Hadidi A., Khetarpal R. K., Koganezawa H. (St Paul: APS Press), 399-416. doi: 10.1007/3-540-26397-7_1
• Chiumenti M., Torchetti E. M., Di Serio F., Minafra A. (2014). Identification and characterization of a viroid resembling apple dimple fruit viroid in fig (Ficus carica L.) by next generation sequencing of small RNAs. Virus Res. 188 54-59. doi: 10.1016/j.virusres.2014.03.026

タイトルに関連する用語 (7件)： ハイスループット ,  同定 ,  極性 ,  ハンマーヘッドリボザイム ,  イチジク ,  ウイロイド ,  RNA