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J-GLOBAL ID：202002268372891239   整理番号：20A1934653

DNA上のPCNA拡散の分子動力学シミュレーションのための蛋白質-DNA相互作用の改良パラメタリゼーション【JST・京大機械翻訳】

Improved Parameterization of Protein-DNA Interactions for Molecular Dynamics Simulations of PCNA Diffusion on DNA

著者 (7件)： You Seonju (Department of Chemistry, Pohang University of Science and Technology, Republic of Korea) ,  Lee Hong-Guen (Division of Advanced Materials Science, Pohang University of Science and Technology, Republic of Korea) ,  Lee Hong-Guen (Center for Self-Assembly and Complexity, Institute for Basic Science, Republic of Korea) ,  Kim Kimoon (Department of Chemistry, Pohang University of Science and Technology, Republic of Korea) ,  Kim Kimoon (Center for Self-Assembly and Complexity, Institute for Basic Science, Republic of Korea) ,  Yoo Jejoong (Center for Self-Assembly and Complexity, Institute for Basic Science, Republic of Korea) ,  Yoo Jejoong (Department of Physics, Sungkyunkwan University, Republic of Korea)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 16  号： 7  ページ： 4006-4013  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 力場を利用した分子動力学シミュレーションの場はより複雑な系に向けて移動しているので,分子間相互作用の精度は場の中心的課題となっている。ここでは,増殖細胞核抗原の実験とシミュレートした拡散係数を比較することにより,AMBERとCHARMM力場における蛋白質-DNA相互作用の精度を定量的に評価した。両力場は,塩基性アミノ酸とDNAリン酸基間の相互作用があまりに魅力的であるので,少なくとも1桁の拡散係数を過小評価することを見出した。次に,実験拡散係数を再現できるモデル化学物質の実験的浸透圧データを用いて最適化したLennard-Jonesパラメータを提案した。新しく最適化したパラメータは,一般的な蛋白質-DNA相互作用に広い影響を与えるであろう。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 拡散係数 ,  最適化 ,  浸透圧 ,  *相互作用 ,  分子間相互作用 ,  *計算機シミュレーション ,  *DNA【核酸】 ,  化学物質 ,  力の場 ,  パラメタリゼーション
準シソーラス用語： *蛋白質-DNA相互作用 ,  AMBER ,  CHARMM ,  *分子動力学シミュレーション ,  過小評価 ,  リン酸基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： DNA ,  PCNA ,  拡散 ,  分子動力学シミュレーション ,  蛋白質-DNA相互作用 ,  パラメタリゼーション