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J-GLOBAL ID：202002268416610832   整理番号：20A2565428

分解DNAに対する短いタンデム反復解析に先立つ全ゲノム増幅の有効性【JST・京大機械翻訳】

Effectiveness of whole genome amplification prior to short tandem repeat analysis for degraded DNA

著者 (2件)： Machida Mitsuyo (Department of Legal Medicine, School of Medicine, Tokyo Women’s Medical University, Tokyo 162-8666, Japan) ,  Kibayashi Kazuhiko (Department of Legal Medicine, School of Medicine, Tokyo Women’s Medical University, Tokyo 162-8666, Japan)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 49  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 短いタンデム反復(STR)分析は,DNAが様々な環境要因によってしばしば損傷されるので,失敗する傾向がある。したがって,出発テンプレート数の増加は,STRプロファイリングの成功を改善する実現可能なアプローチを構成する。全ゲノム増幅(WGA)は,しばしばボルスター開始鋳型量に適用される。さらに,WGAは,法医学における分解DNAサンプルで,報告されている。したがって,この方法は,分解DNAのSTR分析の前に,”改良プライマー伸長前増幅”(mIPEP)と呼ばれるPCRに基づくWGA法を用いて,本法がDNA量や品質の影響をほとんど受けなかった。4人のボランティアからの唾液をガラス繊維濾紙(紙)とガラススライド(ガラス)で乾燥し,UVA光(365nm)を照射した。mIPEP法はDNA抽出後5,0.5および0.05ngのDNAを用いて開始した。DNA分解指数(DI)は,129から41bpのDNA断片の比率に基づいて計算した。より低い数はより高い分解を示した。mIPEP後,STR分析をAmpFlSTR Identifiler PCR増幅キットを用いて行った。mIPEP有りと無しの検出可能なSTR遺伝子座の数は,紙とガラスから抽出した種々のDNA濃度に対して異なる方法でDIの減少に従って減少した。特に,紙上の5ngのDNAサンプルでは,DI<0.2で,検出可能なSTR遺伝子座の数は,より少ない遺伝子座ドロップアウトのため,それのないものよりmIPEPで大きかった。同様に,DI≧0.7で紙上に沈着した0.05ng DNA試料は,より少ない対立遺伝子ドロップアウトによりmIPEPを用いて調製するとき,検出可能なSTR遺伝子座のより多い数を示した。さらに,ガラス上に沈着した試料間で,DI≧0.4の0.05ngのDNA試料は,mIPEPなしの場合よりもmIPEPを用いて調製された場合,より少ない遺伝子座ドロップアウトにより,より大きな数の検出可能なSTR遺伝子座を与えた。これらの知見から,試料DNA条件(例えば,量及び品質)に従ってmIPEPを行うことはSTR分析の成功増加につながることを示唆した。注目すべきことに,mIPEPに最も応答した条件はUVA照射および環境損傷試料状態の両者で一致した。まとめると,著者らの結果は,mIPEPの適用が,わずかな分解にもかかわらず,大量のDNA,または少量のDNAを有する厳しい分解試料を含む条件下で,改善されたSTRプロファイルを得るために有益であることを示唆する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ガラス ,  *DNA【核酸】 ,  対立遺伝子 ,  法医学 ,  有効性 ,  ボランティア
準シソーラス用語： *縦列反復配列 ,  DNA抽出 ,  プロファイリング ,  DNA分解 ,  *全ゲノム増幅 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 全ゲノム増幅 ,  mIPEP ,  分解DNA ,  STR解析

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  電気泳動分析  (CC04017K)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分解 ,  DNA ,  タンデム反復 ,  解析 ,  全ゲノム増幅 ,  有効性