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J-GLOBAL ID：202002268669633661   整理番号：20A2691397

分子動力学シミュレーションによる大腸菌23S rRNAにおけるA2503の2,8-ジメチル化のアロステリック効果の研究【JST・京大機械翻訳】

Investigation of Allosteric Effect of 2,8-Dimethylation of A2503 in E. coli 23S rRNA by Molecular-Dynamics Simulations

著者 (2件)： Makarova T. M. (South Ural State University, Chelyabinsk, Russia) ,  Makarov G. I. (South Ural State University, Chelyabinsk, Russia)
資料名： Biochemistry  (Biochemistry)
巻： 85  号： 11  ページ： 1458-1467  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1038A  ISSN： 0006-2979  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リボソームは,すべての細胞蛋白質を合成する分子機械である。また,臨床的に使用されている抗生物質の約半分の標的である。リボソームRNA残基の適応化学修飾は,ある種の抗生物質に対する耐性を提供する方法の1つである。そのような修飾の奇妙な例は,23S rRNAにおけるA2503の2,8-ジメチル化であり,フェノール類,リンクアミド類,オキサゾリジノン類,プレウロムチリン類,および特定のマクロライド類への耐性を誘発する。本論文では,70S E.coliリボソームのRNA残基の立体配座および移動度に及ぼすA2503の2,8-ジメチル化の影響を,分子動力学シミュレーション法を用いて調査した。250323S rRNA残基の即時環境および新生ペプチド出口トンネル(NPET)のより深く位置するヌクレオチドにおいて有意な変化が検出され,これはNPETに結合した抗生物質からペプチジルトランスフェラーゼ中心へのシグナル伝達に関与することが知られている。これらの変化は,著者らの場合,立体配座的に異なる状態-P/P,E/E1からA/A,P/P状態に向けてリボソームをシフトさせる。得られた結果から,m2m8A2503修飾の効果は,PTRを阻害する抗生物質とは対照的に,ペプチジルトランスフェラーゼ反応(PTR)に有利なA/A,P/P状態の付加的安定化を含むと結論した。Copyright Pleiades Publishing, Ltd. 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 立体配座 ,  *計算機シミュレーション ,  *大腸菌 ,  *RNA【核酸】 ,  *rRNA ,  *アロステリック効果 ,  抗生物質 ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド ,  フェノール類 ,  ペプチジルトランスフェラーゼ ,  リボソーム ,  *分子動力学
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  *ジメチル化 ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： リボソーム ,  抵抗 ,  抗生物質 ,  A2503 ,  分子動力学

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子動力学シミュレーション ,  大腸菌 ,  rRNA ,  ジメチル化 ,  アロステリック効果 ,  研究