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J-GLOBAL ID：202002268691680514   整理番号：20A2560933

不均一な特徴を融合することによるDNA N=6-メチルアデノシンサイトの識別のための深層学習ベース計算アプローチ【JST・京大機械翻訳】

A deep learning-based computational approach for discrimination of DNA N⁶-methyladenosine sites by fusing heterogeneous features

著者 (6件)： Tahir Muhammad (Department of Computer Science, Abdul Wali Khan University, Mardan, 23200, KP, Pakistan) ,  Tahir Muhammad (Department of Electronics and Information Engineering, Jeonbuk National University, Jeonju, 54896, South Korea) ,  Hayat Maqsood (Department of Computer Science, Abdul Wali Khan University, Mardan, 23200, KP, Pakistan) ,  Ullah Imran (Department of Biochemistry, Faculty of Biological Sciences, Quaid-i-Azam University, Islamabad, 45320, Pakistan) ,  Chong Kil To (Department of Electronics and Information Engineering, Jeonbuk National University, Jeonju, 54896, South Korea) ,  Chong Kil To (Advanced Electronics and Information Research Center, Jeonbuk National University, Jeonju, 54896, South Korea)
資料名： Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems  (Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems)
巻： 206  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： E0150B  ISSN： 0169-7439  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： N6-メチルアデニンは複製後修飾であり,広範なDNA配列で生じ,原核生物におけるDNA修復,複製,細胞防御及び転写のような多数の異なるバイオプロセスに関与する。最近,種々の計算モデルがDNA内のN6-メチルアデニン部位を予測するために確立された。しかし,N6-メチルアデニンの正確な予測における主な課題の一つは,それらの特徴の抽出であり,N6-メチルアデニン部位の特性を明確に定義する。この方法では,DNAの入力シーケンスは,漸進的な畳み込み層を可能にするために,1つのホット表現によって表現される。認識された配列から隠された情報を示すために,畳込みニューラルネットワーク(CNN)モデルを適用して抽象特徴を自動学習する。次に,著者らは,トリヌクレオチド構成(TNC)特徴抽出技術を適用し,CNN特性と連結する。提案モデルはS_1ベンチマークデータセットに対して98.05%の精度とS_2ベンチマークデータセットに対して89.22%の精度を達成した。分類率は,開発したアプローチがすべての評価尺度に関して既存の手法と比較してより良く機能することを示した。開発されたインテリジェントアプローチが,ゲノミクス予測の分野における産業研究と同様に,学界にとって主導的で進行性の役割を果たす可能性があることが期待される。コードcvをここで取り付けた。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 畳込み ,  *学習 ,  複製 ,  特徴抽出 ,  *DNA【核酸】 ,  DNA修復 ,  原核生物 ,  計算モデル
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  DNA配列 ,  バイオプロセス ,  *深層学習 ,  畳込みニューラルネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： N=6-メチルアデニン ,  DNA ,  畳込みニューラルネットワーク ,  ワンショット符号化 ,  配列解析

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 融合 ,  DNA ,  識別 ,  深層学習 ,  計算