抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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ABSTRACT細菌プロモーターは-35と-10ボックスと呼ばれるコア配列モチーフから成る。コンセンサスモチーフは,それぞれTTGACAとTATAATであり,大腸菌に関する主要な調査から同定された。しかし,コンセンサス配列は遺伝的に分岐した細菌に当てはまらない。Bifidobacterium属のシグマ因子はN末端に特徴的な極性ドメインを持ち,特異的プロモーター認識の可能性を示唆した。Bifidobacterium longum NCC2705プロモーターの構造を再評価し,それらを他の細菌と比較した。B.longum NCC2705株の転写開始部位(TSSs)を,プロモーター領域を抽出するためにトランスクリプトーム配列決定(RNA-Seq)分析を用いて同定した。ビフィズス菌プロモーターの保存モチーフは,TSSの上流領域および隠れMarkovモデルを用いて決定した。結果として,-35および-10ボックスのコンセンサスモチーフは,それぞれTTGTGCおよびTACAATであった。両モチーフの各塩基を評価するために,レポーター遺伝子としてクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼと結合したhupプロモーターを含むpKO403-TPCTconに基づく37のプラスミドを構築した。このレポーターアッセイは,それぞれ-35と-10ボックス,すなわちTTGNNNとTANNNTの2つの最適モチーフを示した。さらに,バイオインフォマティクス法により-35と-10ボックス間のスペーサー長を分析した。細菌で優勢なスペーサー長は,一般に約17bpであると報告されている。対照的に,Bifidobacterium属及び関連種における主なスペーサー長は17bpに加えて11bpであった。スペーサー長を評価するためのレポーターアッセイは,11-bpスペーサ長が異常に高い活性を生成することを示した。IMPORTANCEは細菌菌株間で変化し,認識規則も異なることを示した。したがって,バイオインフォマティクスアプローチと湿式分析を用いてBifidobacterium longum NCC2705のプロモータ構造を調べた。最も高頻度で最適なモチーフは他の細菌コンセンサスモチーフと類似していた。2つのボックス間の最適スペーサ長は17bpであると報告された。それは他の細菌に対するバイオインフォマティクスアプローチに広く適用されている。予想外に,保存スペーサー長はBifidobacterium属の17bpと同様に11bpであった。さらに,Bifidobacterium属のシグマ因子はN末端の特徴的ドメインを持ち,それは付加的機能に寄与する可能性がある。したがって,それは他の生物におけるプロモーターの再評価に有用である。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】
