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J-GLOBAL ID：202002270193555358   整理番号：20A0431160

柔軟な非環式分子における立体配座探索のための系統的-確率的アルゴリズムの組合せ【JST・京大機械翻訳】

A Combined Systematic-Stochastic Algorithm for the Conformational Search in Flexible Acyclic Molecules

著者 (2件)： Ferro-Costas David (Center for Research in Biological Chemistry and Molecular Materials (CIQUS), Universidade de Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, Spain) ,  Fernandez-Ramos Antonio (Center for Research in Biological Chemistry and Molecular Materials (CIQUS), Universidade de Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, Spain)
資料名： Frontiers in Chemistry (Web)  (Frontiers in Chemistry (Web))
巻： 8  ページ： 16  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7065A  ISSN： 2296-2646  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは,ねじれとモンテカルロ(または確率的)探索の系統的変化の組合せであるアルゴリズムを提案した。それは,内部座標における試行幾何学から始まり,予め調整されたねじれ角のセット,すなわち,最小値が化学知識に従って期待されるねじれ角によって開始される。最初に,これらの前処理形状の最適化を,低い電子構造レベルで行い,配座異性体の初期セットを生成した。第二に,ねじれ空間におけるランダム点は,以前に最適化された最小値(すなわち,各極小についてのハイパーキューブの外側)の「影響の領域」の外側で生成される。これらのランダム点を用いて,電子構造ソフトウェアによって最適化される試行構造を構築した。最適化された構造は,新しいコンフォーマー(保存される)または既に存在するものに対応する可能性がある。初期ねじれ角(また,新しい配座が見出された場合)は,ねじり空間の同じ領域を2回訪問することを防ぐために保存されている。確率的探索は望ましい限り多くの時間を繰り返すことができる。最後に,低レベル形状を回復し,高レベル最適化の出発点として用いた。このアルゴリズムを,n-プロパノールからn-ヘプタノールまでの一連のアルコールに対する多重構造準調和および多重構造ねじれ非調和分配関数の計算に用いた。アミノ酸L-セリンについても試験した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アルゴリズム ,  前処理 ,  幾何学 ,  ソフトウェア ,  電子構造 ,  アルコール ,  ねじり ,  分配関数 ,  ねじり変形 ,  確率論 ,  最適化 ,  モンテカルロ法 ,  *立体配座 ,  形状最適化
準シソーラス用語： 配座異性体 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 立体配座探索 ,  ヒンダードロータ ,  ねじれ非調和性 ,  確率論的方法 ,  形状最適化

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (25件)：

• Alecu I. M., Zheng J., Zhao Y., Truhlar D. G. (2010). Computational thermochemistry: scale factor databases and scale factors for vibrational frequencies obtained from electronic model chemistries. J. Chem. Theory Comput. 6, 2872-2887. doi: 10.1021/ct100326h
• Black G., Simmie J. M. (2010). Barrier heights for H-stom abstraction by HO2 from n-butanol -A simple yet exacting test for model chemistries? J. Comput. Chem. 31, 1236-1248. doi: 10.1002/jcc.21410
• Chen L., Zhu W., Lin K., Hu N., Yu Y., Zhou X., et al. (2015). Identification of alcohol conformers by Raman spectra in the C-H stretching region. J. Phys. Chem. A 119, 3209-3217. doi: 10.1021/jp513027r
• Fernández-Ramos A. (2013). Accurate treatment of two-dimensional non-separable hindered internal rotors. J. Chem. Phys. 138:134112. doi: 10.1063/1.4798407
• Fernández-Ramos A., Ellingson B. A., Meana-Pañeda R., Marques J. M. C., Truhlar D. G. (2007). Symmetry numbers and chemical reaction rates. Theor. Chem. Acc. 118, 813-826. doi: 10.1007/s00214-007-0328-0

タイトルに関連する用語 (7件)： 環 ,  分子 ,  立体配座探索 ,  系統 ,  確率 ,  アルゴリズム ,  組合せ