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J-GLOBAL ID：202002270573851979   整理番号：20A2334824

単純配列反復マーカーの全ゲノム開発に基づくCannabisの遺伝的多様性と集団構造【JST・京大機械翻訳】

Genetic Diversity and Population Structure of Cannabis Based on the Genome-Wide Development of Simple Sequence Repeat Markers

著者 (23件)： Zhang Jiangjiang (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Yan Jiangtao (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Huang Siqi (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Huang Siqi (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Pan Gen (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Pan Gen (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Chang Li (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Chang Li (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Li Jianjun (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Li Jianjun (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Zhang Chao (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Tang Huijuan (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Tang Huijuan (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Chen Anguo (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Chen Anguo (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Peng Dingxiang (MOA Key Laboratory of Crop Ecophysiology and Farming System in the Middle Reaches of the Yangtze River, College of Plant Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China) ,  Biswas Ashok (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Zhang Cuiping (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Zhang Cuiping (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Zhao Lining (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Zhao Lining (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China) ,  Li Defang (Research Team of Genetic Modification of Annual Bast Fiber Crops, Institute of Bast Fiber Crops, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changsha, China) ,  Li Defang (Key Laboratory of Biological and Processing for Bast Fiber Crops, Ministry of Agriculture, Changsha, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 958  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cannabisは栄養,医学,および繊維源として使用されている。しかし,ゲノム単純配列反復(SSR)マーカーの欠如は,Cannabis種に関する遺伝的研究を制限した。本研究では,92,409のモチーフを同定し,63,707の相補的SSRプライマー対を開発した。最も豊富なSSRモチーフは6反復単位(36.60%)を有した。最も豊富なタイプのモチーフはジヌクレオチド(70.90%)であり,次いでトリヌクレオチド,テトラヌクレオチド及びペンタヌクレオチドであった。80対のゲノムSSRマーカーをランダムに選択し,そのうち69(86.25%)が増幅に成功した。これらのうち59(73.75%)は多型であった。遺伝的多様性と個体群構造を,59(72遺伝子座)検証多型SSRと3表現型マーカーを用いて推定した。310の対立遺伝子を同定し,主要な対立遺伝子頻度は0.26~0.85(平均:0.56)で,Neiの遺伝的多様性は0.28~0.82(平均:0.56)の範囲であり,予想されるヘテロ接合性は0.28~0.81(平均:0.56)であった。多型情報量は0.25~0.79(平均:0.50)の範囲であり,対立遺伝子の観察された数は2~8(平均:4.13)の範囲であり,対立遺伝子の有効数は0.28~0.81(平均:0.5)の範囲であった。Cannabis個体群は,無限対立遺伝子モデルによる解析後に変異-ドリフト平衡を示さなかった。クラスタ解析を,遺伝的距離に基づく算術平均を用いて,非加重対群法を用いて実行した。個体群構造解析を用いて,生殖質を2つのサブグループに分割した。これらの結果は,Cannabisの分子育種と更なる研究のための指針を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ヌクレオチド ,  表現型 ,  *ゲノム ,  対立遺伝子 ,  クラスタ分析 ,  個体群 ,  ジヌクレオチド ,  遺伝子頻度 ,  *アサ属
準シソーラス用語： 遺伝距離 ,  個体群構造 ,  ヘテロ接合性 ,  マイクロサテライトマーカー ,  生殖質 ,  *遺伝多様性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 大麻 ,  遺伝的多様性 ,  集団構造 ,  単純配列反復 ,  クラスタ分析

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  植物の生化学  (EH01050J) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

引用文献 (54件)：

• AlghanimH. J.AlmirallJ. R. (2003). Development of microsatellite markers in Cannabis sativa for DNA typing and genetic relatedness analyses. Anal. Bioanal. Chem. 376 1225-1233. doi: 10.1007/s00216-003-1984-0 12811461
• BeierS.ThielT.MünchT.ScholzU.MascherM. (2017). MISA-web: a web server for microsatellite prediction. Bioinformatics 33, 2583-2585. doi: 10.1093/bioinformatics/btx198 28398459
• BossartJ. L.Pashley ProwellD. (1998). Genetic estimates of population structure and gene flow: limitations, lessons and new directions. Trends Ecol. Evol. 13 202-206. doi: 10.1016/S0169-5347(97)01284-6
• CaoC.LiY.LiuH.BaiG.MaylJ.LinX. (2014). The potential therapeutic effects of THC on Alzheimer’s disease. J. Alzheimers Dis. 42 973-984. doi: 10.3233/JAD-140093 25024327
• ChandraS.LataH.KhanI. A.ElSohlyM. A. (2017). Cannabis sativa L.: Botany and Horticulture. Cham: Springer.

タイトルに関連する用語 (7件)： 反復 ,  マーカー ,  ゲノム ,  開発 ,  Cannabis ,  遺伝的多様性 ,  集団構造