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J-GLOBAL ID：202002270688656080   整理番号：20A2645336

新しい還元表現重亜硫酸塩配列決定パイプライン,WellMethにより明らかにした春オオムギのシトシンメチル化景観【JST・京大機械翻訳】

The cytosine methylation landscape of spring barley revealed by a new reduced representation bisulfite sequencing pipeline, WellMeth

著者 (18件)： Malinowska Marta (Department of Molecular Biology and Genetics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Malinowska Marta (Center for Quantitative Genetics & Genomics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Nagy Istvan (Department of Molecular Biology and Genetics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Nagy Istvan (Center for Quantitative Genetics & Genomics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Wagemaker Cornelis A. M. (Department of Experimental Plant Ecology, Radboud University, Nijmegen, The Netherlands) ,  Ruud Anja K. (Department of Molecular Biology and Genetics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Ruud Anja K. (Center for Quantitative Genetics & Genomics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Svane Simon F. (Department of Plant and Environmental Science, University of Copenhagen, Frederiksberg, Denmark) ,  Thorup-Kristensen Kristian (Department of Plant and Environmental Science, University of Copenhagen, Frederiksberg, Denmark) ,  Jensen Christian S. (Research Division, DLF Seeds A/S, Store Heddinge, Denmark) ,  Eriksen Birger (Sejet Plant Breeding, Horsens, Denmark) ,  Krusell Lene (Sejet Plant Breeding, Horsens, Denmark) ,  Jahoor Ahmed (Nordic Seed A/S, Galten, Denmark) ,  Jensen Jens (Nordic Seed A/S, Galten, Denmark) ,  Eriksen Lars Bonde (Landbrug & Fodevarer, SEGES, Aarhus, Denmark) ,  Eriksen Lars Bonde (LIMAGRAIN A/S, Horsens, Denmark) ,  Asp Torben (Department of Molecular Biology and Genetics, Aarhus University, Slagelse, Denmark) ,  Asp Torben (Center for Quantitative Genetics & Genomics, Aarhus University, Slagelse, Denmark)
資料名： Plant Genome  (Plant Genome)
巻： 13  号： 3  ページ： e20049  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5739A  ISSN： 1940-3372  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シトシンメチル化のパターン及びレベルは植物種間で広く変化し,ゲノムサイズ並びにゲノムにおけるトランスポゾン及び他の反復要素の割合と関連する。著者らは,いくつかの市販および歴史的品種を通して,春オオムギ(Hordeum vulgare L.)ゲノムの代表的割合における後成的パターンと多様性を調査した。本研究では,ゲノムDNAにおけるメチル化シトシンの検出に対する遺伝子型決定(GBS)アプローチを適用した。データを解析するために,著者らは,還元表現亜硫酸水素配列決定の分析のための完全なパイプラインであるWellMethを開発した。良くMethは,単一塩基分解能でのコンテキスト特異的DNAメチル化の定量化と,異なるメチル化部位(DMC)と領域(DMRs)の同定を可能にした。平均して,DNAメチル化レベルは,CHHメチル化においてArabidopsis thaliana(L.)Heynhよりも10倍以上高いレベルに達し,多くの植物種で通常観察されるものより著しく高かった。選択的メチル化は,長末端反復(LTR)レトロトランスポゾンGypsyおよびCopiaの端内および端部で観察された。栽培品種のペアワイズ比較から,多数のDMRsは,オオムギ品種の分析セット内で5000以上が保存されていた。遺伝子に重複する領域のサブセットはクロマチンと細胞構造と組織化に関連した遺伝子オントロジー(GO)カテゴリーの濃縮を示した。遺伝的および後成的距離間の有意な相関は,メチル化領域のかなりの部分がオオムギにおいて厳密な遺伝的制御下にあることを示唆する。ここに示したデータは,オオムギにおけるメチル化のゲノムレベルの構造的および機能的側面のより良い理解に向けた最初の段階である。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *メチル化 ,  *オオムギ ,  クロマチン ,  *亜硫酸 ,  ゲノム ,  *亜硫酸水素塩 ,  遺伝的調節 ,  トランスポゾン ,  栽培品種 ,  Arabidopsis ,  レトロトランスポゾン ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  ゲノムDNA ,  *シトシンメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

物質索引 (1件)： シトシン

タイトルに関連する用語 (7件)： 還元 ,  表現 ,  重亜硫酸塩 ,  パイプライン ,  春オオムギ ,  シトシンメチル化 ,  景観