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J-GLOBAL ID：202002271542699102   整理番号：20A0665180

ディープトランスクリプトームデータセットにおけるRNAエディティングの定量化【JST・京大機械翻訳】

Quantifying RNA Editing in Deep Transcriptome Datasets

著者 (12件)： Lo Giudice Claudio (Institute of Biomembranes, Bioenergetics and Molecular Biotechnologies, National Research Council, Bari, Italy) ,  Silvestris Domenico Alessandro (RNA Editing Lab, Oncohaematology Department, IRCCS Ospedale Pediatrico “Bambino Gesu,” Rome, Italy) ,  Roth Shalom Hillel (The Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences, Bar-Ilan University, Ramat Gan, Israel) ,  Eisenberg Eli (School of Physics and Astronomy, Raymond and Beverly Sackler Faculty of Exact Sciences, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel) ,  Eisenberg Eli (Sagol School of Neuroscience, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel) ,  Pesole Graziano (Institute of Biomembranes, Bioenergetics and Molecular Biotechnologies, National Research Council, Bari, Italy) ,  Pesole Graziano (Department of Biosciences, Biotechnology and Biopharmaceutics, University of Bari, Bari, Italy) ,  Pesole Graziano (National Institute of Biostructures and Biosystems, Rome, Italy) ,  Gallo Angela (RNA Editing Lab, Oncohaematology Department, IRCCS Ospedale Pediatrico “Bambino Gesu,” Rome, Italy) ,  Picardi Ernesto (Institute of Biomembranes, Bioenergetics and Molecular Biotechnologies, National Research Council, Bari, Italy) ,  Picardi Ernesto (Department of Biosciences, Biotechnology and Biopharmaceutics, University of Bari, Bari, Italy) ,  Picardi Ernesto (National Institute of Biostructures and Biosystems, Rome, Italy)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 194  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAseq技術による大量トランスクリプトーム配列決定は,選択的スプライシング及びRNA編集のような同時/転写後機構の定量的トランスクリプトームワイド研究を可能にした。後者は,ADAR酵素により,百万のアデノシンがイノシンに脱アミノ化されるヒトトランスクリプトームに豊富に存在する。RNA編集は自然免疫応答を調節し,その調節解除は自己免疫及び炎症性病理,神経変性及び精神疾患,及び腫瘍を含む異なるヒト疾患と関連している。深いトランスクリプトームデータを用いたRNA編集の正確なプロファイリングは依然として課題であり,結果は処理とアラインメント段階に強く依存する。しかしながら,inosinomeレパートリーの正確な呼び出しは,RNA編集を確実に定量化するために必要であり,次に,複数の試料にわたるその生物学的および機能的役割を調べる必要がある。実際のRNAseqデータを用いて,RNA編集検出に及ぼす異なるバイオインフォマティクスステップの影響を実証し,その活性レベルを定量化するための主要な計量を記述した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自然免疫 ,  病理 ,  精神病 ,  アラインメント ,  自己免疫 ,  酵素 ,  選択的スプライシング ,  ヒト ,  脱アミノ ,  *トランスクリプトーム ,  炎症 ,  *RNAエディティング ,  腫瘍 ,  プリンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： RNAエディティング ,  トランスクリプトーム ,  RNASEQ ,  ディープシークエンシング ,  ALU編集指標

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： イノシン

引用文献 (69件)：

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• Bazak L., Haviv A., Barak M., Jacob-Hirsch J., Deng P., Zhang R., et al (2014a). A-to-I RNA editing occurs at over a hundred million genomic sites, located in a majority of human genes. Genome Res. 24 365-376. doi: 10.1101/gr.164749.113
• Bazak L., Levanon E. Y., Eisenberg E. (2014b). Genome-wide analysis of Alu editability. Nucleic Acids Res. 42 6876-6884. doi: 10.1093/nar/gku414
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• Brahmkhatri V. P., Prasanna C., Atreya H. S. (2015). Insulin-like growth factor system in cancer: novel targeted therapies. BioMed. Res. Int. 2015:538019. doi: 10.1155/2015/538019

タイトルに関連する用語 (2件)： RNAエディティング ,  定量化