文献

J-GLOBAL ID：202002271796243721   整理番号：20A2578815

ナノポアシークエンシングを用いたPeste-Des-Petits-Ruminantウイルスの圃場適応全ゲノム配列決定【JST・京大機械翻訳】

Field-Adapted Full Genome Sequencing of Peste-Des-Petits-Ruminants Virus Using Nanopore Sequencing

著者 (6件)： Torsson Emeli (Department of Biomedical Sciences & Veterinary Public Health, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden) ,  Kgotlele Tebogo (Department of Veterinary Microbiology and Parasitology, Sokoine University of Agriculture, Morogoro, Tanzania) ,  Misinzo Gerald (Department of Veterinary Microbiology and Parasitology, Sokoine University of Agriculture, Morogoro, Tanzania) ,  Johansson Wensman Jonas (Department of Clinical Sciences, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden) ,  Berg Mikael (Department of Biomedical Sciences & Veterinary Public Health, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden) ,  Karlsson Lindsjo Oskar (Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden)
資料名： Frontiers in Veterinary Science (Web)  (Frontiers in Veterinary Science (Web))
巻： 7  ページ： 542724  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7103A  ISSN： 2297-1769  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Peste-des-petits-反芻動物ウイルス(PPRV)は,現在,制御および根絶プログラムの焦点である。完全なゲノム配列決定は,分子疫学およびウイルス進化の研究を改善することにより,根絶プログラムにおける強力なツールになる機会を有する。PPRVは多くの資源制約地域で一般的であり,実験室施設への長距離で,高スループット配列決定のための正しい設備を欠いている。ここでは,PPRVのほぼ完全なまたは完全なゲノム配列決定に対するプロトコールを示した。携帯型ミニPCRとMinIONの使用は実験室を野外に持ち,さらに24時間以内のサンプリングで完全なゲノムの生産を可能にした。プロトコルは,自然感染ヤギの組織試料からの細胞培養と野外分離株からのウイルス分離株に成功裏に使用された。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 細胞培養 ,  反芻動物 ,  *ゲノム ,  携帯型
準シソーラス用語： 分子疫学 ,  *配列解析 ,  *ナノ細孔 ,  ハイスループット ,  *ゲノム配列 ,  ウイルス分離 ,  ウイルス進化 ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ペスト-デス-ペット-反すう動物ウイルス ,  根絶 ,  分子疫学 ,  全ゲノム配列決定 ,  ミニオン ,  ミニPCR

分類 (2件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

引用文献 (35件)：

• GardyJLomanNJRambautA. Real-time digital pathogen surveillance-the time is now. Genome Biol. (2015) 16:155. doi: 10.1186/s13059-015-0726-x27391693
• Rambo-MartinBLKellerMWWilsonMMNoltingJMAndersonTKVincentAL. Mitigating pandemic risk with influenza A virus field surveillance at a swine-human interface. bioRxiv [Preprint]. (2019) 585588. doi: 10.1101/58558832024713
• FariaNRSabinoECNunesMRAlcantaraLCJLomanNJPybusOG. Mobile real-time surveillance of Zika virus in Brazil. Genome Med. (2016) 8:97. doi: 10.1186/s13073-016-0356-227683027
• KrehenwinkelHPomerantzAHendersonJBKennedySRLimJYSwamyV. Nanopore sequencing of long ribosomal DNA amplicons enables portable and simple biodiversity assessments with high phylogenetic resolution across broad taxonomic scale. GigaScience. (2019) 8:giz006. doi: 10.1093/gigascience/giz00630824940
• ParidaSMunirajuMMahapatraMMuthuchelvanDBuczkowskiHBanyardAC. Peste des petits ruminants. Vet. Microbiol. (2015) 181:90-106. doi: 10.1016/j.vetmic.2015.08.00926443889

タイトルに関連する用語 (6件)： ナノポアシークエンシング ,  DES ,  ウイルス ,  圃場 ,  適応 ,  ゲノム配列