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J-GLOBAL ID：202002276377915730   整理番号：20A0124019

遺伝コード表のアミノ酸スコアの決定:相補性,構造,機能および進化【JST・京大機械翻訳】

Determining amino acid scores of the genetic code table: Complementarity, structure, function and evolution

著者 (2件)： Stambuk Nikola (Center for Nuclear Magnetic Resonance, Ruder Boskovic Institute, Bijenicka cesta 54, HR-10000, Zagreb, Croatia) ,  Konjevoda Pasko (Laboratory for Epigenomics, Division of Molecular Medicine, Ruder Boskovic Institute, Bijenicka cesta 54, HR-10000, Zagreb, Croatia)
資料名： BioSystems  (BioSystems)
巻： 187  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： D0286B  ISSN： 0303-2647  CODEN： BSYMBO  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 標準遺伝的コード(SGC)表を三次元コドン配置に関して調べ,全ての可能な24階層的基礎分割(4!=24)を調べた。これは,各コドン階層に対するアミノ酸スコアを決定することにより,1~st水平,2~第2垂直および3~第3水平サブテーブルに関連して行った。SGC表の第二塩基によってコードされた疎水性および親油性パラメータに対して著しい差異が観察された。第二塩基におけるヌクレオチド階層U<C<G<A及びその補体A<G<C<Uはアミノ酸疎水性及び極性と最も良く相関した。対照的に,2番目の塩基における階層C<G<U<Aおよびその逆転写物A<U<G<Cは親油性および接近可能な表面積のアミノ酸パラメータと関連していた。ヒドロパシー,極性,親油性および接近可能な表面積に関して,1~stおよび3~3位におけるコドンの24塩基階層間に関連性は観察されなかった。結果は,第2の塩基が観察された物理化学的性質に関して情報量の大部分を有することを意味する。塩基のスコアを決定することにより得られたアミノ酸情報とデジタル型のコドン重み付けは物理化学的性質と一致し,25°Cと100°Cの間の温度範囲は疎水性,α-及びβ-蛋白質構造の関連予測,コドンスコア,又はセンスとアンチセンスペプチド相互作用の相補性コードに影響しないことを示した。SGC表に対して決定されたアミノ酸スコアは,蛋白質の構造,機能および進化の分析のためのルールおよびアルゴリズムの構築を可能にする。核酸塩基及びアミノ酸配列のIUPACに基づくコード化は,半(Greimas)二乗及び反対の確率論的二乗をもつ塩基の表現に用いることができることを示した。蛋白質配列の構造的,機能的及び進化的パターンは,アミノ酸物理化学的性質のみに基づく情報を用いる代わりに,コドンに基づくアミノ酸情報を用いてモデル化できると結論した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  疎水性 ,  三次元 ,  補体 ,  確率論 ,  RNA【核酸】 ,  *アミノ酸 ,  ヌクレオチド ,  逆転写 ,  相互作用 ,  モデリング ,  コドン ,  *遺伝 ,  アルゴリズム ,  アミノ酸配列

著者キーワード (9件)： 遺伝子コード ,  スコアリング ,  相補性 ,  構造 ,  機能 ,  進化 ,  疎水性 ,  親油性 ,  RNA

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝 ,  コード表 ,  アミノ酸 ,  スコア ,  相補性 ,  進化