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J-GLOBAL ID：202002277100295646   整理番号：20A2759453

150RNA結合蛋白質に対するCLIPマップ増強解析からのRNAプロセシングの原理【JST・京大機械翻訳】

Principles of RNA processing from analysis of enhanced CLIP maps for 150 RNA binding proteins

著者 (33件)： Nostrand Eric L. Van (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Nostrand Eric L. Van (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Pratt Gabriel A. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Pratt Gabriel A. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Yee Brian A. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Yee Brian A. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Wheeler Emily C. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Wheeler Emily C. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Blue Steven M. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Blue Steven M. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Mueller Jasmine (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Mueller Jasmine (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Park Samuel S. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Park Samuel S. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Garcia Keri E. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Garcia Keri E. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Gelboin-Burkhart Chelsea (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Gelboin-Burkhart Chelsea (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Nguyen Thai B. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Nguyen Thai B. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Rabano Ines (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Rabano Ines (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Stanton Rebecca (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Stanton Rebecca (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Sundararaman Balaji (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Sundararaman Balaji (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Wang Ruth (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Wang Ruth (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Fu Xiang-Dong (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Fu Xiang-Dong (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Graveley Brenton R. (Department of Genetics and Genome Sciences, Institute for Systems Genomics, UConn Health, Farmington, USA) ,  Yeo Gene W. (Department of Cellular and Molecular Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Yeo Gene W. (Institute for Genomic Medicine, University of California San Diego, La Jolla, USA)
資料名： Genome Biology (Web)  (Genome Biology (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-26  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7384A  ISSN： 1474-760X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAプロセシングの規則を明らかにする重要な段階は,RNA結合蛋白質(RBP)のin vivo調節ネットワークを研究することである。架橋と免疫沈降(CLIP)法はRBP標的のトランスクリプトーム全体をマッピングできるが,方法論的差異はデータセットを横断して大規模分析に挑戦する。増強CLIP(eCLIP)の開発は,K562とHepG2における150のRBPsの標的のマッピングを可能にし,同じ細胞型で標準化された方法論でプロファイリングされたRBPインタラクトームのユニークな資源を創出した。223eCLIPデータセットの解析は,異なるRBP機能と関連するスプライシングシグナルとmRNA非翻訳領域周辺の高度に分解された位置決めを含む結合様式の範囲を明らかにした。反復および豊富な多コピー要素に対する濃縮の定量化は,RBPsの70%が非mRNA要素クラスに対する濃縮を有し,新しいリボソームRNAプロセシング因子および部位の同定を可能にし,レトロトランスポゾン要素との会合が複数のRBP作用機構を反映することを示唆する。スプライセオソームRBPsの解析は,eCLIPがイントロンlariat形成後にAQR会合を解決し,単一ヌクレオチド分解能による分岐点の同定を可能にし,3′スプライス部位認識のための分岐点ベース走査モデルに対するゲノムワイド検証を提供することを示した。最後に,RBPsを横切るeCLIPピーク共起が新しい共相互作用RBPsの発見を可能にすることを示した。本研究は,異なる機能を持つ150のRBPsのeCLIPプロファイリングの統合解析により,RNA生物学への新たな洞察を明らかにした。さらに,mRNAと他の要素会合の両方の定量化は,RNAプロセシングの調節におけるRBPsの新しい役割を同定するさらなる研究を可能にするであろう。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  ヌクレオチド ,  免疫沈降反応 ,  リボソーム ,  イントロン ,  レトロトランスポゾン ,  スプライセオソーム ,  HepG2細胞 ,  トランスクリプトーム ,  *RNA結合タンパク質
準シソーラス用語： 非翻訳領域 ,  インタラクトーム ,  スプライス部位 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： eCLIP ,  CLIP-seq ,  RNA結合蛋白質 ,  RNAプロセシング

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物学的機能  (EB03040U)

引用文献 (77件)：

• Cell; Neuronal small RNAs control behavior transgenerationally; R Posner, IA Toker, O Antonova, E Star, S Anava, E Azmon, M Hendricks, S Bracha, H Gingold, O Rechavi; 177; 2019; 1814-1826; 10.1016/j.cell.2019.04.029; citation_id=CR1
• Nat Rev Genet; The rise of regulatory RNA; KV Morris, JS Mattick; 15; 2014; 423-437; 10.1038/nrg3722; citation_id=CR2
• Nat Rev Genet; A census of human RNA-binding proteins; S Gerstberger, M Hafner, T Tuschl; 15; 2014; 829-845; 10.1038/nrg3813; citation_id=CR3
• Science; CLIP identifies Nova-regulated RNA networks in the brain; J Ule, KB Jensen, M Ruggiu, A Mele, A Ule, RB Darnell; 302; 2003; 1212-1215; 10.1126/science.1090095; citation_id=CR4
• Neuron; Protein-RNA networks regulated by normal and ALS-associated mutant HNRNPA2B1 in the nervous system; FJ Martinez, GA Pratt, EL Nostrand, R Batra, SC Huelga, K Kapeli, P Freese, SJ Chun, K Ling, C Gelboin-Burkhart; 92; 2016; 780-795; 10.1016/j.neuron.2016.09.050; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： CLIP ,  マップ ,  増強 ,  解析 ,  RNAプロセシング ,  原理