げっ歯類海馬形成におけるシナプス電気生理学の包括的知識ベース【JST・京大機械翻訳】

Moradi Keivan; Ascoli Giorgio A.; Ascoli Giorgio A.

文献

J-GLOBAL ID：202002278577408523 整理番号：20A0782601

げっ歯類海馬形成におけるシナプス電気生理学の包括的知識ベース【JST・京大機械翻訳】

A comprehensive knowledge base of synaptic electrophysiology in the rodent hippocampal formation

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資料名：
巻： 30 号： 4 ページ： 314-331 発行年： 2020年
JST資料番号： W2597A ISSN： 1050-9631 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

げっ歯類海馬の細胞とシナプスの構造は数千の論文でレビューされている論文で記述されている。しかしながら,シナプス電気生理学データの人間的または機械的に読みやすい公開カタログは,このまたは他のニューラルシステムのために存在しない。最新の情報技術を利用して,関心のある実験データを抽出し,各侵入を関連テキストまたは図形エクセルペットに結びつけるために,シナプス電気生理学に関連する科学文献から経験的証拠を同定するためのクラウドベースのツールセットを開発した。1,200以上の雑誌論文をマイニングして,海馬ニューロンにおけるシナプス振幅,速度論,および可塑性を測定するために,90の異なる方法によって定量化された8つの異なる信号モダリティを同定した。著者らは,両方が差異を反映して,実験的モダリティの間で既存の関係を維持するデータ構造を設計した。さらに,著者らは,潜在的結合,すなわちシナプス前およびシナプス後ニューロン型の特異的対を同定するために,あらゆる注釈実験をマッピングした。この目的のために,げっ歯類海馬形成における形態学的,電気生理学的,及び分子的に特性化されたニューロン型のオープンアクセス知識ベースであるHippopampom.orgを活用した。具体的には,すべての互換性のある可能性のある接続を見出すために,ニューロン型の特性を形式的質問に系統的に翻訳するための計算パイプラインを実装した。このシステムにより,Hippoampom.orgにおける3,120の潜在的接続の88%をカバーするほぼ40,000のシナプスデータエンティティを収集した。液体接合ポテンシャルに関する膜電位の補正は,理論的および実験的反転ポテンシャルの間の差を著しく減少させ,それにより全てのシナプス振幅のコンダクタンスへの正確な変換を可能にした。このデータセットは,シナプス信号を支配する一般的規則の大規模仮説試験を可能にする。これらの応用を説明するために,シナプス測定とそれらの共変量の間のいくつかの期待される相関を確認し,以前に報告されていないものを示唆した。著者らは,専門分野にわたって更なる研究を行うために,Hippoampom.orgにおけるすべてのデータオープンソースをリリースした。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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中枢神経系

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