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J-GLOBAL ID：202002279101515083   整理番号：20A0124608

二重消化制限部位関連DNA配列決定を用いたクワ品種のゲノムワイドSNPマーカー発見と系統発生分析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide SNP marker discovery and phylogenetic analysis of mulberry varieties using double-digest restriction site-associated DNA sequencing

著者 (11件)： Muhonja Linah (Department of Integrated Biosciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa 277-8561, Japan) ,  Muhonja Linah (National Sericulture Research Centre, Kenya Agricultural & Livestock Research Organization, 57811-00200 Nairobi, Kenya) ,  Muhonja Linah (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan) ,  Yamanouchi Hiroaki (Institute of Crop Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Hitachiomiya 319-2293, Japan) ,  Yang Ching-chia (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan) ,  Kuwazaki Seigo (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan) ,  Yokoi Kakeru (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan) ,  Kameda Tsunenori (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan) ,  Sezutsu Hideki (Department of Integrated Biosciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa 277-8561, Japan) ,  Sezutsu Hideki (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan) ,  Jouraku Akiya (Institute of Agrobiological Sciences, National Agriculture and Food Research Organization (NARO), Tsukuba 305-8634, Japan)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 726  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クワ種の分類が形態学的特性に依存しているので,クワ種(Morus属)に関する長い分類学的議論があった。分子マーカーを用いてクワ種を分類する試みが行われているが,二倍体クワ種間の系統発生的関係は不明のままである。本研究において,7つの異なるMorus種(M.alba,M.indica,M.bombycis,M.acidosa,M.latifolia,M.kagayamae及びM.rotundiloba)に属する54の二倍体クワ品種と二重消化制限部位関連DNA配列決定(ddRAD-Seq)による系統発生解析を用いて遺伝的関係を調べた。8種における54クワ品種の全ゲノム2229ホモ接合SNPを,ddRAD-Seqにより同定した。系統発生分析の結果は,異なる地理的に分離された島とタイの種,M.rotundilobaで見出された2つの日本在来種,M.acidosaとM.kagayamaeにおいて3つの明確な単系統クレードのみを同定したが,他の種は非単系統性であった。他の日本の在来種であるM.bombycisの品種は,3つのグループに大別された。これらのうち,2つのM.bombycis群はそれぞれM.acidosaおよびM.kagayamaeを有する単系統であったが,もう一方のM.bombycis群は単系統ではなかった。インドの在来種であるM.indicaの品種を2つの異なる単系統クレードに分類した。これらのうち,1つのクレードはKenya,’Enbu’において固有の多様性を有する明確な単系統であり,一方,もう一つのクレードはM.rotundilobaと1つのM.latifolia品種による単系統であった。M.albaとM.latifoliaの品種には明確な単系統クレードがなく,これは中国から日本への導入後のいくつかの交雑現象の結果と考えられる。これらの結果は,ゲノムワイドDNAマーカーによってさえも交雑クワ品種を明確に分類することが困難であることを示唆した。系統発生分析に加えて,各品種のクワ葉の形態学的特徴も評価した。形態学的評価の結果は,葉先端比率が単系統性クレードにおける2つのM.bombycis群と非単系統性クレードにおけるもう一つのM.bombycis群の間の遺伝的差異に相関する可能性があることを示した。これらの結果は,葉先端比率がM.bombycis品種の雑種形成の評価に用いられる可能性があることを示唆した。以上の結果は,クワ種の分類学的議論への新しい洞察を提供する可能性がある。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クワ属 ,  インド ,  遺伝 ,  *系統発生 ,  DNAマーカー ,  二倍体 ,  *消化 ,  *ゲノム ,  *品種 ,  地理学 ,  モルフォロジー ,  交雑 ,  在来種 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： クレード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： クワ品種 ,  DDRAD-seq ,  SNPs ,  系統発生 ,  形態学的特性

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (9件)： 消化 ,  制限 ,  DNA配列 ,  クワ ,  品種 ,  ゲノム ,  SNPマーカー ,  発見 ,  系統発生分析