抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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目的:胃癌関連競合内因性RNA(ceRNA)ネットワークを構築し、胃癌の発生、発展の分子機構を探索する。方法;バイオチップ技術を用い、胃癌及び癌周囲組織に対応するメッセンジャーRNA(mRNA)、マイクロRNA(miRNA)及び長鎖非コードRNA(lncRNA)発現スペクトルを測定し、Rソフトウェア中のedgeRパッケージを用いて差異発現遺伝子を選別し、火山図を描いた。miRNA-lncRNAオンライン予測ツールlncBaseデータベースとmiRNA標的遺伝子予測データベースに基づき、mRNA、miRNAとlncRNAの相互作用関係を予測した。Cytoscapeソフトウェアを用いて胃癌lncRNA-miRNA-mRNAceRNAネットワークを構築し、cytohubbaにより各ノードのdegree得点を計算して、キー遺伝子(hub遺伝子)をスクリーニングした。注釈、可視化と集積発見データベース(DAVID)を用いて、差次的発現のmRNAに対して遺伝子オントロジー(GO)機能濃縮と京都遺伝子とゲノム百科全書(KEGG)通路の濃縮分析を行った。OncoLncデータベースにおいて,腫瘍ゲノム計画(TCGA)データセットの胃癌項目を選択し,hub遺伝子を入力し,標準化後の遺伝子発現量中央値を境界値として,サンプルを高発現群と低発現群に分け,生存分析を行った。結果:全部で差次的に発現するmRNAは766個、miRNAは10個、lncRNA110個で、そのうち90個のmRNA、6個のmiRNAと4個のlncRNAはceRNAネットワークを構成し、20個のhub遺伝子のうち2個は患者の予後と関係がある。TCGA胃癌データベースを用いて,LncRNAMAP3K20のアンチセンスRNA1(MLK7-AS1),分泌性リン酸化糖タンパク質(SPP1),およびmRNA発現を検出した。硫酸エステラーゼ1(SULF1)hsa-miR-1307-3pなどの遺伝子は,胃癌組織バイオチップで高発現しており,メタロチオネイン2A(MT2A),メタロチオネイン1X(MT1X)などの遺伝子は低発現しており,TCGA胃癌データベースと一致した。生物学的機能と経路解析は,差次的に発現するmRNAが主に生物学的過程(BP)と鉱物吸収の経路で著しく濃縮されることを示した。TCGA胃癌データでは、炭水化物スルホトランスフェラーゼ1(CHST1)とmiR-183-5pはいずれも患者の生存時間と関係があり、CHST1発現量が高いほど患者の生存期間が短いが、miR-183-5p発現量が高いほど患者の生存期間が長い。結論:胃癌のceRNAネットワークの構築は胃癌の分子生物学的機序を深く理解することに役立ち、CHST1とmi-183-5pは胃癌の予後の予測指標とすることができる。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】
