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J-GLOBAL ID：202002280206031289   整理番号：20A2659341

多重配列アラインメント技術のコンセンサスを用いたインドSARS-CoV-2ゲノムにおける遺伝的変異性の推定【JST・京大機械翻訳】

Inferring the genetic variability in Indian SARS-CoV-2 genomes using consensus of multiple sequence alignment techniques

著者 (5件)： Saha Indrajit (Department of Computer Science and Engineering, National Institute of Technical Teachers’ Training and Research, Kolkata, West Bengal, India) ,  Ghosh Nimisha (Department of Computer Science and Information Technology, Institute of Technical Education and Research, Siksha ‘O’ Anusandhan (Deemed to be University), Bhubaneswar, Odisha, India) ,  Maity Debasree (Department of Electronics and Communication Engineering, MCKV Institute of Engineering, Howrah, West Bengal, India) ,  Sharma Nikhil (Department of Electronics and Communication Engineering, Jaypee Institute of Information Technology, Noida, Uttar Pradesh, India) ,  Mitra Kaushik (Department of Community Medicine, Burdwan Medical College, Burdwan, West Bengal, India)
資料名： Infection, Genetics and Evolution  (Infection, Genetics and Evolution)
巻： 85  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： A1228A  ISSN： 1567-1348  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 重症急性呼吸器症候群Coronavirus-2(SARS-CoV-2)は,ヒト集団に対する脅威であり,世界的流行を創り出す。数千人の人々がSARS-CoV-2ウイルスによって影響を受ける。インドは例外ではない。この状況において,ワクチンがCOVID-19パンデミックの波を含む主要な予防戦略であるとの疑いはない。この点で,SARS-CoV-2のゲノムワイド分析は,その遺伝的変異を理解するために重要である。これは,複数の配列アラインメント技術を用いて,566のインドSARS-CoV-2配列を分析することを動機づけた。ClustalW,MUSCLE,ClustalOおよびMAFFTは,置換,欠失,挿入およびSNPとして突然変異のリストを整列させ,続いて同定する。その後,これら結果のコンセンサスを,コンセンサス多重配列アラインメント(CMSA)と呼ぶ,全ての4つのアラインメント技術の利点を保存できるように,突然変異の最終リストを持つように調製した。分析は,インドSARS-CoV-2ゲノムにおける767,2025および54のユニークな置換,欠失およびSNPを示した。54のSNPのうち,4つのSNPはウイルス集団の60%近くに存在した。この実験の結果は,ウイルス分類,設計,およびインド人集団に対するワクチンの投与量の定義に有用である。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アラインメント ,  突然変異 ,  ヒト ,  ワクチン ,  インド ,  *ゲノム ,  予防 ,  点突然変異
準シソーラス用語： *SARSウイルス ,  重症急性呼吸器症候群 ,  *配列アライメント ,  遺伝的変異 ,  ウイルス分類 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 多重配列アラインメント ,  点突然変異 ,  SNP ,  SARS-CoV-2

分類 (1件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 多重配列アラインメント ,  コンセンサス ,  インド ,  SARS-CoV-2 ,  ゲノム ,  遺伝的変異性 ,  推定