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J-GLOBAL ID：202002280753366106   整理番号：20A0523318

植栽モチーフ発見問題に対する三重項周期性を持つスペクトル回転法【JST・京大機械翻訳】

A Spectral Rotation Method with Triplet Periodicity Property for Planted Motif Finding Problems

著者 (3件)： Wang Xun ( School of Electrical Engineering and Automation, Tiangong University, Tianjin 300387, China) ,  Wang Shudong ( School of Electrical Engineering and Automation, Tiangong University, Tianjin 300387, China) ,  Song Tao ( School of Electrical Engineering and Automation, Tiangong University, Tianjin 300387, China)
資料名： Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening  (Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening)
巻： 22  号： 10  ページ： 683-693  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3560A  ISSN： 1386-2073  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 不明 (ARE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:遺伝子はゲノムにおける機能パターンとして知られており,生物学的意義を持つと推定されている。それらは転写因子に対する結合部位を示し,それらはある種の蛋白質をコードする。生物学的配列からの遺伝子の発見は,遺伝子発現の機構を解明するための計算生物学における主要な課題である。目的:植え付けられたモチーフ発見問題はゲノムから遺伝子を検出するプロセスから抽出された数学モデルのクラスであり,多くの突然変異を持つ特異的遺伝子がランダムに生成された背景配列に植えられる。そして,遺伝子発見アルゴリズムは実行可能な時間で見つけられるかどうかをチェックするためにテストできる。【方法】本研究において,三重項周期性特性に基づくスペクトル回転法を提案して,植え付けられたモチーフ発見問題を解明した。【結果】提案した方法は,遺伝子における塩基突然変異の有意な耐性を与える。特に,多くの置換を持つ遺伝子は,ランダムに生成した背景配列から検出できる。Saccharomyces cerevisiae由来のゲノムデータセットに関する実験結果は,遺伝子が視覚的に識別できることを明らかにした。約50%の突然変異を持つ遺伝子がランダムに生成した背景配列から検出できることを提案した。結論:約5挿入または欠失により,この方法は植え付けられた遺伝子の発見に失敗することが分かった。特定の場合には,塩基の欠失が遺伝子の始まりに位置すると,塩基はランダムに削除されず,塩基欠失に対する方法の耐性は増加する。Copyright 2020 Bentham Science Publishers All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： タンパク質 ,  ゲノム ,  転写因子 ,  数学モデル ,  視覚 ,  可視化 ,  高速アルゴリズム ,  突然変異 ,  アルゴリズム ,  *スペクトル ,  遺伝子 ,  結合部位 ,  遺伝子発現 ,  Saccharomyces cerevisiae
準シソーラス用語： *モチーフ発見 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 遺伝子検出 ,  モチーフ発見 ,  可視化法 ,  高速アルゴリズム ,  Fourierスペクトル ,  植栽モチーフ発見問題

分類 (5件)： 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  消化器の腫よう  (GH04000D) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  生薬一般  (GX06010Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 植栽 ,  モチーフ発見 ,  三重項 ,  周期性 ,  スペクトル