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J-GLOBAL ID：202002281983911876   整理番号：20A2623237

SeedEx:サブミニマル空間における最適アラインメントのためのゲノム配列加速器【JST・京大機械翻訳】

SeedEx: A Genome Sequencing Accelerator for Optimal Alignments in Subminimal Space

著者 (7件)： Fujiki Daichi (University of Michigan) ,  Wu Shunhao (University of Michigan) ,  Ozog Nathan (University of Michigan) ,  Goliya Kush (University of Michigan) ,  Blaauw David (University of Michigan) ,  Narayanasamy Satish (University of Michigan) ,  Das Reetuparna (University of Michigan)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2020  号： MICRO  ページ： 937-950  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム配列決定技術における革新は,生ゲノムデータの迅速で低コストな生産を可能にする。Mooreの法則テーパオフとして,ゲノム配列決定におけるボトルネックは,参照DNAに読み込むための計算資源にシフトする。本論文では,シード拡張段階に焦点を当てた読取配列加速器であるシードExを提示した。種子Exは,読取の小さい部分だけがアラインメントのために大きな編集距離を必要とするという観察に基づき,従って,領域効率的狭帯域シード拡張加速器は実際には十分である。しかし,ゲノム作業負荷の高度に誤差に敏感な性質のため,アラインメント結果の最適性を保証することは,基本的に重要である。この目的に向けて,厳密だが強力な最適性検査機構を用いて,推測と試験に基づくフレームワークを提案した。クラウドFPGA上での実装によりシードExを実証した。シードExは,バンド化したSmith-Watermanベースラインと比較して,6.0の等面積スループット高速化を達成し,AWS f1.2x大規模事例で43.9Mシード拡張/sを達成した。BWA-MEM2との統合は実行時間を2.3倍改善する。Copyright 2020 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アラインメント ,  *加速器 ,  DNA【核酸】 ,  *ゲノム ,  スループット ,  狭帯域 ,  基準線 ,  高速化 ,  FPGA
準シソーラス用語： 実行時間 ,  Mooreの法則 ,  *ゲノム配列 ,  最適性 ,  編集距離 ,  計算資源 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (3件)： アラインメント ,  ゲノム配列 ,  加速器