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J-GLOBAL ID：202002282040340623   整理番号：20A1336629

多様性とその関連研究用の基盤としてのNARO世界イネコアコレクション(WRC)の全ゲノム配列解析

Whole-Genome Sequencing of the NARO World Rice Core Collection (WRC) as the Basis for Diversity and Association Studies

著者 (12件)： TANAKA N. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  SHENTON M. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  KAWAHARA Y. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  KUMAGAI M. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  SAKAI H. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  KANAMORI H. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  YONEMARU J. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  FUKUOKA S. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  SUGIMOTO K. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  ISHIMOTO M. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  WU J. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN) ,  EBANA K. (National Agriculture and Food Res. Organization, Ibaraki, JPN)
資料名： Plant and Cell Physiology (Web)  (Plant and Cell Physiology (Web))
巻： 61  号： 5  ページ： 922-932 (WEB ONLY)  発行年： 2020年05月 
JST資料番号： U1159A  ISSN： 1471-9053  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ジーンバンクは作物改良向けの多様な材料へのアクセスを提供する。それらを効果的に利用して評価するために,農業・食品産業技術総合研究機構のジーンバンクの世界イネコアコレクション(WRC)のようなコアコレクションが開発されている。WRCは高い遺伝的多様性を有する69の系統からなるので,300を超えるプロジェクトで使用されている。既存のWRCデータのより綿密な調査を可能にし,ジーンバンクイネ系統を用いた研究をさらに加速させるために,著者らはこれらの69系統の全ゲノム再配列決定を行い,Oryzasativa ssp. japonica Nipponbareゲノムに対するマッピングによりそれらの配列の変異を調べた。合計2805329の一塩基多型(SNP)と357639の挿入欠失を得た。これらのデータの主成分分析と個体群構造解析に基づいて,WRCは3つの主要なグループに分類することができる。著者らは種々のWRCゲノム配列を可視化するために複数のゲノムブラウザであるTASUKEを使用し,種子特性と出穂日に影響を与える遺伝子のハプロタイプ群を分類した。TASUKEは逆遺伝学用のツールとしてWRC遺伝子型へのアクセスを提供する。著者らはゲノムワイド関連研究(GWAS)としてコンパクトなWRC母集団の適合性を調べた。多数の量的形質遺伝子座(QTL)により影響を受ける出穂日は既知の遺伝子とは関連していなかったが,いくつかの種子関連表現型は既知の遺伝子と関連していた。したがって強い効果のQTLに関してはコンパクトなWRCはGWASにおいてよく機能した。この知見によって,ジーンバンクに保持された37000のイネ系統の遺伝的多様性の理解,および異なる表現型に関連する遺伝子を発見することが可能になる。配列解析データは,日本シーケンスリードアーカイブ(DRA)のDNAデータバンクに寄託されている(細く表S1)。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： イネ ,  *遺伝資源 ,  *データ収集 ,  ヌクレオチド配列 ,  生物多様性 ,  一塩基多型 ,  突然変異 ,  変異誘発 ,  ハプロタイプ ,  量的形質遺伝子座 ,  成長段階 ,  表現型 ,  *作物育種 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  *コアコレクション ,  *ジーンバンク ,  遺伝的多様性 ,  出穂日 ,  挿入欠失突然変異 ,  *品種開発

分類 (1件)： 作物育種一般  (FC02010K)

タイトルに関連する用語 (8件)： 多様性 ,  研究 ,  基盤 ,  世界 ,  イネ ,  コアコレクション ,  ゲノム ,  配列解析