文献

J-GLOBAL ID：202002282535530071   整理番号：20A0593457

統合バイオ情報解析による増殖性糖尿病網膜症関連遺伝子と経路のマイニング【JST・京大機械翻訳】

Mining the proliferative diabetic retinopathy-associated genes and pathways by integrated bioinformatic analysis

著者 (5件)： Sun Haiyan (Department of Ophthalmology, The Third Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei Province, China) ,  Cheng Yahui (Department of Ophthalmology, The First Central Hospital of Baoding City, Baoding, Hebei Province, China) ,  Yan Zhipeng (Department of Ophthalmology, The Third Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei Province, China) ,  Liu Xiaokun (Department of Ophthalmology, The Third Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei Province, China) ,  Zhang Jun (Department of Ophthalmology, The Third Hospital of Hebei Medical University, Shijiazhuang, Hebei Province, China)
資料名： International Ophthalmology  (International Ophthalmology)
巻： 40  号： 2  ページ： 269-279  発行年： 2020年 
JST資料番号： W4494A  ISSN： 1573-2630  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:糖尿病性網膜症(DR),特に増殖性糖尿病網膜症(PDR)は重篤な眼疾患である。PDR患者における網膜線維血管組織の発現を分析することにより,PDRと関連した重要な経路およびハブ遺伝子を同定することを目的とした。【方法】:最初の生データを遺伝子発現Omnibusデータベースからダウンロードした。その後,正規化を前処理に適用した。特異的に発現した遺伝子(DEG)は,Limmaパッケージで分析した。重みづけ相関ネットワーク分析(WGCNA)を用いて,すべての遺伝子に対する共発現ネットワークを構築した。次に,WGCNAによって濾過されたDEGとモジュールを比較した。STRINGウェブサイトに基づく蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークとCytosscapeソフトウェアを,重複DEGによって構築した。次に,Gen Ontology用語とGenes and Genomes経路濃縮分析を行った。最終的に,著者らは,PDRに密接に関連するいくつかの重要な経路とハブ遺伝子を同定するために,比較Toxicoゲノミクスデータベースを使用した。【結果】:機能的濃縮分析は,サイトカイン-サイトカイン受容体相互作用の経路が,腫瘍壊死因子(TNF),腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー12A(TNFRSF12A),C-Cケモカイン20(CCL20),ケモカイン(C-X-Cモチーフ)リガンド2(CXCL2),オンコスタチンM(OSM)インターロイキン10(IL10),インターロイキン15(IL15),およびインターロイキン1B(IL1B)を含むPDR8ハブ遺伝子に有意に関連していることを示した。結論:1つの経路と8つのハブ遺伝子を同定し,それらはPDRと関連していた。経路は,PDRの機構の理解を進める参照を提供した。さらに,ハブ遺伝子は将来のPDRの正確な診断と治療のための治療標的として役立つ可能性がある。Copyright Springer Nature B.V. 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  ソフトウェア ,  サイトカイン ,  遺伝子発現 ,  正規化 ,  *網膜 ,  TNF【壊死因子】 ,  *遺伝子 ,  糖尿病性網膜症 ,  血管 ,  サイトカイン受容体 ,  相互作用 ,  インターロイキン10 ,  ケモカイン ,  ネットワーク

著者キーワード (3件)： 増殖性糖尿病網膜症 ,  WGCNA ,  DEGS

分類 (2件)： 眼の疾患  (GP03000U) ,  代謝異常・栄養性疾患一般  (GD05010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 統合 ,  情報解析 ,  増殖性糖尿病網膜症 ,  遺伝子 ,  経路