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J-GLOBAL ID：202002283235022491   整理番号：20A0276979

2つのAlpheidae種からのミトコンドリアゲノムの特性化と比較およびCarideaの系統発生への洞察【JST・京大機械翻訳】

Characterization and comparison of the mitochondrial genomes from two Alpheidae species and insights into the phylogeny of Caridea

著者 (7件)： Wang Qi (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...) ,  Wang Ziqian (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...) ,  Tang Dan (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...) ,  Xu Xinyi (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...) ,  Tao Yitao (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...) ,  Ji Chenyao (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...) ,  Wang Zhengfei (Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils, Jiangsu Synthetic Innovation Center for Coastal Bio-agriculture, Jiangsu Provincial Key Laboratory of Coastal Wetland Bioresources and Environmental Protection, School of Ocean and Biological Engineering, Yancheng Teachers Universit...)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 112  号： 1  ページ： 65-70  発行年： 2020年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ミトコンドリアゲノム(ミトゲノム)は,その単純な遺伝的構造,高い進化速度,および組成不均一性特性のために,系統発生学および分子進化においてパラメータとして広く使用されてきた。Alpheidaeは,現在世界中で分散した約600種を含む,Caridea infraorderの大規模で高度に多様なファミリーである。しかしながら,Alpheidaeにおけるわずかなエビは,GenBankで注釈されたそれらの完全なミトゲノムを持っている。著者らの研究において,Alpheidaeからの2つのエビの全ミトゲノムを測定し,Alpheus randalliとAlpheus bellulusを決定した。両エビのミトゲノムは,他のAlpheidae種で見出された37のミトコンドリア遺伝子の完全なセットを共有していた。A.randalliにおいて,AT-Skewはわずかに陽性で,GC-Skewは陰性であるが,A.bellulusにおいてAT-Skewは陰性であり,GC-Skewはわずかに陽性である。さらに,2つのエビにおけるtrnS1の二次構造は部分的に欠けており,他の3つのtRNAは典型的なクローバ形二次構造を形成した。また,A.randalliのtrnS1は,いくつかの不対ヌクレオチドを有する珍しいアンチコドンステムを有していた。比較ゲノム解析は,Alpheus属のミトコンドリア遺伝子秩序がCarideaのそれと比較して異なる遺伝子再配列を示すことを示唆する。Alpheusにおけるほとんどの種は,付加的なプソイドゲノムtrnQ(trnQ*)を持つA.lobensを除いて,同じ遺伝子次数を共有している。Carideaのミトコンドリア遺伝子秩序と比較して,AlpheustrnEは再結合イベントによって引き起こされた転座と逆転の両方を受けた。105種のアミノ酸データセットのBayes推定(BI)および最大尤度(ML)系統発生分析は,良く支持されたトポロジーをもたらしたが,Carideaにおける4つのファミリーは単系統性であり,2つの主要クレードに分割できた。さらに,Decapodaにおける6つの次数の系統発生学的関係を示した(Dendrobrranchiata,(Caridea,Stenododidea,(Achelata,(Polychelida,Asstidea))))。本研究では,系統分裂ゲノム解析のために利用可能な大分類群サンプリングを用いた。結果は,Decapoda次数の進化に関するさらなる研究のための理論的基礎を提供した。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  アンチコドン ,  二次構造 ,  ミトコンドリア遺伝子 ,  最尤法 ,  十脚類 ,  Bayes推定 ,  遺伝子再編成 ,  ヌクレオチド ,  *ゲノム ,  転座 ,  *系統発生 ,  位相幾何学 ,  アミノ酸 ,  分子進化

著者キーワード (5件)： ミトゲノム ,  Alpheus Randalli ,  Alpheus Bellulus ,  遺伝子再配列 ,  系統発生

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： Alpheidae ,  ミトコンドリアゲノム ,  特性化 ,  系統発生 ,  洞察