非平衡候補モンテカルロと分子動力学を用いた束縛配位子のサンプリング配座変化【JST・京大機械翻訳】

Sasmal Sukanya; Gill Samuel C.; Lim Nathan M.; Mobley David L.; Mobley David L.

文献

J-GLOBAL ID：202002283573471358 整理番号：20A0663109

非平衡候補モンテカルロと分子動力学を用いた束縛配位子のサンプリング配座変化【JST・京大機械翻訳】

Sampling Conformational Changes of Bound Ligands Using Nonequilibrium Candidate Monte Carlo and Molecular Dynamics

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資料名：
巻： 16 号： 3 ページ： 1854-1865 発行年： 2020年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

柔軟な配位子は,しばしば内部回転結合の周りの分子の一部の回転により異なる複数の結合モードまたは結合立体配座を有する。これらの結合様式の知識は結合ポケットにおけるリガンドを安定化する相互作用を理解するために重要であり,他の研究は正確な結合親和性の計算に重要であることを示す。本研究では,ハイブリッド分子動力学(MD)/非平衡候補モンテカルロ(NCMC)法を用いて,いくつかの柔軟な配位子の異なる結合モードをサンプリングし,モードのポピュレーション分布を推定した。NCMC移動提案を3つの部分に分割した。配位子の柔軟な部分は静電学的及び立体的相互作用を徐々に減少させることにより化学的に切断され,ランダムな角度により回転可能な結合を回転させ,次に配位子を完全に相互作用する状態にゆっくり回転させる。移動提案の前後での化学的段階は,提案した配位子立体配座の周りで結合ポケット緩和における周囲の蛋白質と水原子を助け,移動受容速度を増加させる。蛋白質-配位子系はNCMC提案間の古典的MDを用いて伝播される。このMD/NCMC法を用いて,2つのキナーゼ標的-c-Jun N末端キナーゼ-1およびサイクリン依存性キナーゼ2に結合する阻害剤の異なる結合様式を,従来のMDおよび傘サンプリングと比較してはるかに低い計算コストで正確に再現できた。この方法はBLUESソフトウェアパッケージの一部として利用可能である。Copyright 2020 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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蛋白質・ペプチド一般 , 分子構造 , 計算機シミュレーション

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