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J-GLOBAL ID：202002284132756866   整理番号：20A0934610

ウシウイルス性下痢ウイルスNS3蛋白質のバイオインフォマティクス分析と多エピトープスクリーニング【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatics Analysis and Multi-epitope Screening of NS3 Protein of Bovine Viral Diarrhea Virus

著者 (8件)： He Jinke (石河子大学生命科学学院,石河子,832000) ,  Yang Yajun (石河子大学生命科学学院,石河子,832000) ,  Deng Xiaoyu (石河子大学動物科技学院,石河子,832000) ,  He Yanhua (石河子大学動物科技学院,石河子,832000) ,  Zhang Chao (石河子大学動物科技学院,石河子,832000) ,  Ma Zhongchen (石河子大学動物科技学院,石河子,832000) ,  Wang Yong (石河子大学動物科技学院,石河子,832000) ,  Chen Chuangfu (石河子大学動物科技学院,石河子,832000)
資料名： Zhongguo Xumu Shouyi  (Zhongguo Xumu Shouyi)
巻： 46  号： 12  ページ： 3475-3485  発行年： 2019年 
JST資料番号： C3580A  ISSN： 1671-7236  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 本研究では、ウシウイルス性下痢ウイルス(BVDV)NS3タンパクに対して、バイオインフォマティクス分析及びT細胞とB細胞エピトープのスクリーニングを行った。GenBankデータベースからNS3タンパクのアミノ酸配列を見出し、ExpasyProtParamオンラインサーバーを用いて得られた序列の物理化学的性質を分析した。TMHMMServerを用いて膜貫通ドメインを分析し、DNAStarソフトを用いてNS3タンパク質の二次構造を予測し、タンパク質の二次構造をより正確に予測するため、SOPMA分析ソフトを用いて二次予測を行った。Phyre2オンラインサーバーを用いてNS3蛋白質の三次構造を予測し、Raswinソフトウェアで各元素の所在位置を出した。4種類の予測ソフトウェア(BCPREDS、ABCpred、BepiPredとSVMTriP)を用いてNS3タンパクの線形B細胞エピトープを分析し、NetMHCIIpanを用いてCD4+T細胞エピトープを予測した。NetBoLApanとIEDBを用いてCD8+T細胞エピトープを予測し、得られた結果をT細胞とB細胞エピトープのスクリーニングを行った。結果は,NS3蛋白質が683アミノ酸から成り,分子量が75ku,理論的等電点(pI)が8.31,化学式がC3347H5346N916O1009S28,不安定係数が35.93であることを示した。平均親水性(GRAVY)値は-0.267であり,NS3が安定親水性蛋白質であることを示した。TMHMMの結果は,NS3蛋白質が膜貫通ドメインを持たないことを示した。SOPMAの結果,NS3蛋白質の二次構造において,α-ヘリックス,β-シート,β-ターンオーバー,およびランダムコイルは,それぞれ,30.75%,22.55,8.35%および38.35であり,DNAStarソフトウェアで,それぞれα-ヘリックス,β-シート,およびβ-シートを標的とした。β-回転角とランダムコイルの位置。4つの異なるB細胞予測ソフトを用いて、8つの線形エピトープを選別した:12-16、289-298、349-360、394-407、421-432、489-498、515-525と665-679のアミノ酸。4つのT細胞エピトープ:248-262,315-320,400-414および482-496のアミノ酸を,NetMHCIIpanによってスクリーニングした。本研究はBVDVNS3タンパク質の優勢抗原のスクリーニングに理論的根拠を提供した。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  親水性 ,  分子量 ,  アミノ酸 ,  アミノ酸配列 ,  *タンパク質 ,  三次構造 ,  二次構造 ,  ターンオーバー ,  T細胞 ,  ソフトウェア ,  等電点 ,  *エピトープ
準シソーラス用語： T細胞エピトープ ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： ウイルスによる動物の伝染病  (FE02024R) ,  抗原・抗体・補体の生化学  (ED04020L) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (6件)： ウシウイルス性下痢ウイルス ,  NS3蛋白質 ,  バイオインフォマティクス ,  分析 ,  エピトープ ,  スクリーニング