Apache flinkによるin-transit分子動力学解析【JST・京大機械翻訳】

Zanuz Henrique C.; Raffin Bruno; Mures Omar A.; Padron Emilio J.

文献

J-GLOBAL ID：202002284509690044 整理番号：20A1533966

Apache flinkによるin-transit分子動力学解析【JST・京大機械翻訳】

In-transit molecular dynamics analysis with Apache flink

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資料名：
号： ISAV ’18 ページ： 25-32 発行年： 2018年
JST資料番号： D0698C 資料種別：会議録 (C)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

本論文では,オンライン並列解析フレームワークを,シミュレーションを実行する同じクラスタにおいて,ステージングノードを用いて,分子動力学(MD)シミュレーションランによって生成されたすべてのデータを処理および保存するために提案した。標準HPCツール,例えばデータ分割や負荷分散のような問題を管理する,そのような並列ワークフローの実装と展開は,科学者にとって難しいタスクである。本論文では,このHPC文脈において,Bigデータドメインからスケーラブルなストリーム処理エンジンであるApache Flinkを利用することを提案する。リンクは,単純なウィンドウベースのマップ/リデュースモデル内でプログラム解析を可能にし,一方,実行時間は,配置,負荷分散,およびフォールトトレランスの処理を行う。MDシミュレーションをApache Flinkに接続し,分散データベース(Apache HBase)を接続し,すべての望ましいデータを持続させるために,トランジット解析ワークフローを完成させた。このプログラミングモデルの表現性とHPC科学環境に対する適合性を実証するために,MD分野における2つの共通解析を実行した。このフレームワークの性能を評価し,文献で使用されるサイズのシミュレーションを扱うことができ,一方,科学者が現在のワークフローにおけるオンライン並列分析を容易に組み込むための効果的で多目的なツールを提供した。Please refer to this article’s citation page on the publisher website for specific rights information. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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ディジタル計算機方式一般

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