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J-GLOBAL ID：202002285721713027   整理番号：20A2769186

ディープクラスタリングアプローチを用いた乳癌分子サブタイプの分類【JST・京大機械翻訳】

Classifying Breast Cancer Molecular Subtypes by Using Deep Clustering Approach

著者 (3件)： Rohani Narjes (Department of Computer and Data Sciences, Faculty of Mathematics, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Eslahchi Changiz (Department of Computer and Data Sciences, Faculty of Mathematics, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran) ,  Eslahchi Changiz (School of Biological Sciences, Institute for Research in Fundamental Sciences (IPM), Tehran, Iran)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 553587  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌は死亡率の高い複合疾患である。腫瘍塊の特性は非常に不均一である。したがって,腫瘍の適切な分類は有効な治療における臨界点である。乳癌でも高レベルの不均一性が観察された。したがって,この疾患の分子サブタイプを検出することは,バイオインフォマティクスを用いて促進できる医学にとって本質的な問題である。この研究は,腫瘍の体細胞変異プロファイルを用い,乳癌の分子サブタイプを発見することを目的にした。それにもかかわらず,体細胞変異プロフィールは非常にまばらである。したがって,ネットワーク伝搬法を遺伝子相互作用ネットワークで用いて,突然変異プロファイルを高密度にした。その後,深部埋め込みクラスタリング(DEC)法を用いて乳房腫瘍を4つのサブタイプに分類した。次のステップでは,各サブタイプの遺伝子シグネチャをフィッシャーの正確試験を用いて得た。多数の生物学的データベースにおける遺伝子シグネチャの濃縮に加えて,臨床および分子分析は,変異プロファイルを用いた提案方法が乳癌の分子サブタイプを効率的に検出できることを検証した。最後に,新しい患者の分子サブタイプを予測するために,発見されたサブタイプに基づいて教師つき分類器を訓練した。この方法のコードと材料は,利用可能である。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  ネットワーク ,  臨界点 ,  遺伝子 ,  死亡率 ,  腫瘍 ,  突然変異 ,  *クラスタ化 ,  不均一性 ,  *乳房腫瘍
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  体細胞突然変異 ,  遺伝子相互作用 ,  複合病 ,  教師付き分類 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 癌分子サブタイプ ,  乳癌 ,  機械学習 ,  体細胞突然変異 ,  クラスタリング ,  腫瘍分類

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (56件)：

• AliH. R.RuedaO. M.ChinS.-F.CurtisC.DunningM. J.AparicioS. A.. (2014). Genome-driven integrated classification of breast cancer validated in over 7,500 samples. Genome Biol. 15:431. doi: 10.1186/s13059-014-0431-125164602
• BaldiP.SadowskiP. J. (2013). Understanding dropout, in Advances in Neural Information Processing Systems (Lake Tahoe, NV), 2814-2822. 24771879
• BaunochD.WatkinsL.TewariA.ReeceM.AdamsL.StackR.. (1996). MDM2 overexpression in benign and malignant lesions of the human breast. Int. J. Oncol. 8, 895-899. doi: 10.3892/ijo.8.5.89521544443
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• BlackmoreJ. K.KarmakarS.GuG.ChaubalV.WangL.LiW.. (2014). The smrt coregulator enhances growth of estrogen receptor-α-positive breast cancer cells by promotion of cell cycle progression and inhibition of apoptosis. Endocrinology 155, 3251-3261. doi: 10.1210/en.2014-100224971610

タイトルに関連する用語 (5件)： 乳癌 ,  分子 ,  サブ ,  タイプ ,  分類