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J-GLOBAL ID：202002286470130659   整理番号：20A0623038

巨大蛋白質分子に対してより小さな自由度数をもつ全原子モデルに対する基準振動解析計算

Normal mode analysis calculation for a full-atom model with a smaller number of degrees of freedom for huge protein molecules

著者 (2件)： Endo Shigeru (Department of Physics, School of Science, Kitasato University) ,  Wako Hiroshi (School of Social Sciences, Waseda University)
資料名： Biophysics and Physicobiology (Web)  (Biophysics and Physicobiology (Web))
巻： 16  ページ： 205-212(J-STAGE)  発行年： 2019年 
JST資料番号： U0030A  ISSN： 2189-4779  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質の基準振動解析(NMA)計算における自由度(DOF)数...

シソーラス用語： *タンパク質 ,...
準シソーラス用語： *基準振動解析 ,...

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著者キーワード (4件)： 蛋白質動力学 ,  仮想結合 ,  二面角 ,  大振幅協調運動

分類 (4件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  生物物理学一般  (EA02020O) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

引用文献 (30件)：

• [1] Gō, N., Noguti, T. & Nishikawa, T. Dynamics of a small globular protein in terms of low-frequency vibrational modes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 3696-3700 (1983).
• [2] Levitt, M., Sander, C. & Stern, P. S. Protein normal-mode dynamics: Trypsin inhibitor, crambin, ribonuclease and lysozyme. J. Mol. Biol. 181, 423-447 (1985).
• [3] Tirion, M. M. Large amplitude elastic motions in proteins from a single parameter, atomic analysis. Phys. Rev. Lett. 77, 1905-1908 (1996).
• [4] Bahar, I., Atilgan, A. R. & Erman, B. Direct evaluation of thermal fluctuations in proteins using a single-parameter harmonic potential. Fold Des. 2, 173-181 (1997).
• [5] Hinsen, K. Analysis of domain motions by approximate normal mode calculations. Proteins 33, 417-429 (1998).

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質 ,  分子 ,  自由度 ,  全原子モデル ,  基準振動解析 ,  計算