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J-GLOBAL ID：202002287373070479   整理番号：20A1357167

初期のガチョウ卵巣発達中のトランスクリプトームとアクセシブルクロマチン景観の動力学【JST・京大機械翻訳】

Dynamics of the Transcriptome and Accessible Chromatin Landscapes During Early Goose Ovarian Development

著者 (16件)： Hu Shenqiang (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Yang Shuang (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Lu Yao (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Deng Yan (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Li Li (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Zhu Jiaran (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Zhang Yuan (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Hu Bo (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Hu Jiwei (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Xia Lu (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  He Hua (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Han Chunchun (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Liu Hehe (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Kang Bo (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Li Liang (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China) ,  Wang Jiwen (Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province, Sichuan Agricultural University, Chengdu, China)
資料名： Frontiers in Cell and Developmental Biology (Web)  (Frontiers in Cell and Developmental Biology (Web))
巻： 8  ページ： 196  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7062A  ISSN： 2296-634X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 哺乳類の状況とは対照的に,初期鳥類卵巣発生を調節する分子機構についてはほとんど知られていない。本研究は,後期胚および孵化後のステージにおけるガチョウ卵巣のゲノムワイドトランスクリプトームおよびクロマチンアクセシビリティ景観と同様に,組織形態における動的変化を調べることを目的とした。ヘマトキシリン-エオシン,周期的酸-Schiff,および抗CVH免疫組織化学染色の結果は,プログラム卵母細胞損失,卵母細胞巣破壊および原始卵胞形成,および原始から二次卵胞への移行が,それぞれP0からP4およびP4からP28まで胚15日目(E15)から孵化後0日目(P0)までの期間に起こることを示した。RNA-seqとATAC-seq分析は,卵巣トランスクリプトームと初期卵巣発生の間の接近可能なクロマチン景観の両方における動的変化を明らかにし,孵化卵の卵母細胞損失の間に最も広範な変化を示し,さらに,異なる発育段階の間の異なるATAC-seqピークのゲノム分布において差異も同定し,遺伝子発現のクロマチンレベル調節が転写因子に対する異なる機能的ゲノム領域の接近性の調節により促進されることを示唆した。発生段階選択的ピーク領域のモチーフ解析は,SF1,NR5A2,ESRRβ,NF1,およびTHRβを含む多くの転写因子の結合部位を含む数百の潜在的シス調節要素,ならびにGATA,SMAD,およびLHXファミリーのメンバーを含み,その発現は初期ガチョウ卵巣発生を通して変動した。統合ATAC-seqおよびRNA-seq分析は,新たに出現したピークおよび消失ピークの数とゲノム分布が発生段階に従って異なり,qRT-PCR検証との組み合わせで,原始卵胞形成および発達中の,細胞周期,MAPKシグナリングおよびFoxOシグナリング経路が豊富なDEGの臨界作用を,孵化卵母細胞損失およびリガンド-受容体相互作用,組織リモデリング,脂質代謝,およびWntシグナル伝達において増強することを示した。結論として,本研究は,初期鳥類卵巣発生中のトランスクリプトームおよびアクセス可能なクロマチン動力学を理解するためのフレームワークを提供し,関連する分子事象の発生を促進する転写調節機構を解明する新しい道筋を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *クロマチン ,  哺乳類 ,  *卵巣 ,  卵胞 ,  ゲノム ,  結合部位 ,  孵化 ,  細胞周期 ,  成長段階 ,  卵母細胞 ,  遺伝子発現 ,  転写因子 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 卵巣 ,  孵化後の卵母細胞損失 ,  原始卵胞形成と発達 ,  クロマチンアクセシビリティ ,  ATAC-seq ,  トランスクリプトーム配列決定

分類 (1件)： 生殖器官  (EJ15020P)

引用文献 (54件)：

• Ackermann A. M., Wang Z., Schug J., Naji A., Kaestner K. H. (2016). Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes. Mol. Metab. 5 233-244. doi: 10.1016/j.molmet.2016.01.002
• Apostolou E., Hochedlinger K. (2013). Chromatin dynamics during cellular reprogramming. Nature 502 462-471. doi: 10.1038/nature12749
• Barragan M., Pons J., Ferrer-Vaquer A., Cornet-Bartolome D., Schweitzer A., Hubbard J., et al (2017). The transcriptome of human oocytes is related to age and ovarian reserve. Mol. Hum. Reprod. 23 535-548. doi: 10.1093/molehr/gax033
• Broekmans F. J., Knauff E. A., te Velde E. R., Macklon N. S., Fauser B. C. (2007). Female reproductive ageing: current knowledge and future trends. Trends Endocrinol. Metab. 18 58-65. doi: 10.1016/j.tem.2007.01.004
• Buenrostro J. D., Giresi P. G., Zaba L. C., Chang H. Y., Greenleaf W. J. (2013). Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position. Nat. Methods 10 1213-1218. doi: 10.1038/nmeth.2688

タイトルに関連する用語 (7件)： 初期 ,  ガチョウ ,  卵巣 ,  発達 ,  トランスクリプトーム ,  景観 ,  動力学