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J-GLOBAL ID：202002287783215420   整理番号：20A2770043

情報エントロピーベースアプローチによるParkinson病の潜在的遺伝子バイオマーカーの同定【JST・京大機械翻訳】

Identifying potential gene biomarkers for Parkinson’s disease through an information entropy based approach

著者 (10件)： Monaco A (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), Sezione di Bari, Bari, Italy) ,  Pantaleo E (Dipartimento Interateneo di Fisica ‘M Merlin’, Universita degli Studi di Bari ‘Aldo Moro’, Bari, Italy) ,  Amoroso N (Dipartimento di Farmacia-Scienze del Farmaco, Universita degli Studi di Bari ‘Aldo Moro’, Bari, Italy) ,  Bellantuono L (Dipartimento Interateneo di Fisica ‘M Merlin’, Universita degli Studi di Bari ‘Aldo Moro’, Bari, Italy) ,  Lombardi A (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), Sezione di Bari, Bari, Italy) ,  Tateo A (Dipartimento Interateneo di Fisica ‘M Merlin’, Universita degli Studi di Bari ‘Aldo Moro’, Bari, Italy) ,  Tangaro S (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), Sezione di Bari, Bari, Italy) ,  Tangaro S (Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti, Universita degli Studi di Bari ‘Aldo Moro’, Bari, Italy) ,  Bellotti R (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), Sezione di Bari, Bari, Italy) ,  Bellotti R (Dipartimento Interateneo di Fisica ‘M Merlin’, Universita degli Studi di Bari ‘Aldo Moro’, Bari, Italy)
資料名： Physical Biology  (Physical Biology)
巻： 18  号： 1  ページ： 016003 (12pp)  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5573A  ISSN： 1478-3967  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Parkinson病(PD)は慢性進行性神経変性疾患であり,Alzheimer病後のこの型の最も一般的な疾患である。それは,運動と非運動の特徴,および長年にわたる長い前駆期によって特性化される。遺伝的研究は,PDが複雑で多システム障害であることを示した。この病気の分子複雑性を捉えるために,複雑なネットワークアプローチを用いた。遺伝子隣接マトリックスを得るために,遺伝子共発現マトリックス間の情報エントロピーを最大化した。次に,コミュニティを検出するために高速 greedy欲アルゴリズムを使用した。最後に,ランダムフォレスト分類器によるPD患者と健康対照者の識別の究極の目的で,検出した遺伝子コミュニティに関する主成分分析を適用した。NCBI GEOデータベースから,PD患者10名および健常対照者18名に対する遺伝子発現プロファイルを含む,公的に利用可能な黒質マイクロアレイデータセット,GSE20163を用いた。この方法論により,2つのグループ間で識別された2つの遺伝子コミュニティを同定し,それぞれ平均精度0.88±0.03と0.84±0.03で,独立したマイクロアレイ実験での結果を検証した。2つの遺伝子コミュニティは,初期ネットワークと比較して100倍以上のサイズのかなりの減少を示し,試験パラメータの範囲内で安定であった。選択したコミュニティに属する遺伝子の限定された数に焦点を当てたさらなる研究は,ネットワークレベルでのPDに関与する必須機構を明らかにし,PDの新しいバイオマーカーの発見に寄与する可能性がある。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  データベース ,  ネットワーク ,  コミュニティ ,  *遺伝子 ,  黒質 ,  主成分分析 ,  Alzheimer病 ,  *Parkinson病 ,  *バイオマーカー
準シソーラス用語： 神経変性疾患 ,  共発現 ,  ランダムフォレスト ,  *情報エントロピー ,  マイクロアレイ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 神経系の疾患  (GN03000O) ,  神経の基礎医学  (GN01020W)

タイトルに関連する用語 (5件)： 情報エントロピー ,  Parkinson病 ,  遺伝子 ,  バイオマーカー ,  同定