文献

J-GLOBAL ID：202002287987357472   整理番号：20A2696738

胃癌における差次的発現オルタナティブスプライシング事象の系統的解析とその臨床的意義【JST・京大機械翻訳】

Systematic Analyses of the Differentially Expressed Alternative Splicing Events in Gastric Cancer and Its Clinical Significance

著者 (7件)： Lin Changwei (School of Life Sciences, Central South University, Changsha, China) ,  Lin Changwei (Department of Gastrointestinal Surgery, The Third Xiangya Hospital of Central South University, Changsha, China) ,  Yu Bowen (Department of Gastrointestinal Surgery, The Third Xiangya Hospital of Central South University, Changsha, China) ,  Zhang Mao (Department of Hepatobiliary and Pancreatic Surgery, Affiliated Hospital of Qingdao University, Qingdao, China) ,  Chen Yifei (Department of Otolaryngology-Head Neck Surgery, The Fourth Hospital of Changsha (The Changsha Affiliated Hospital of Hunan Normal University), Hunan Normal University, Changsha, China) ,  Li Liang (Class 25 Grade 2016, The Five-Year Program in Clinical Medicine, School of Medicine, University of South China, Hengyang, China) ,  Zhao Deze (Department of Thoracic Surgery, Xiangya Hospital, Central South University, Changsha, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 522831  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 証拠の蓄積は,選択的スプライシング(AS)と胃癌(GC)の間の密接な関係を示し,一方,GCと正常組織の間の差次的発現AS事象(DEAS)の系統的分析は欠けている。RNA-Seqデータと対応する臨床情報をTCGA GCコホートからダウンロードした。GC組織と正常組織で計算されたパーセントスプライスイン(PSI)値を用いて,DEASを定量した。さらに,生存関連DEASおよびDEASシグネチャを単変量および多変量cox回帰分析により同定した。DEASと患者の臨床的特徴の間の関係を評価するために,Kaplan-Meier分析,受信者動作特性(ROC)曲線,Cox比例回帰およびDEASシグネチャを組み込んだノモグラムを実施した。DEASとそれらのスプライシングネットワークを最終的にバイオインフォマティクス法によって分析した。さらに,ランダムグルーピング法を用いて,訓練グループとテストグループにサンプルを分割した。2群の最終結果は一致した。厳密なフィルタリングの後,合計44,935のAS事象を同定し,そのうち11,141のDEASを5032の遺伝子から予備的にスクリーニングした。合計454のDEASはOSと関連し,872のDEASはDFSと関連していた。最終予後シグネチャは,受信者動作特性(ROC)曲線(AUC)が0.6以上の領域を有する生存関連DEASから構築された。ABI1のESのみがOSおよびDFSと同時に関連していた。最後に,GCにおける予後スプライシング因子(SF)とDEASの間のスプライシング相関ネットワークを同定した。本研究は,GCにおける生存関連DEASの系統的ポートレートを提供し,GCにおけるASの根底にある機構の解明において貴重なスプライシングネットワークを明らかにした。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ノモグラム ,  回帰分析 ,  ネットワーク ,  フィルタリング ,  RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  予後 ,  母集団 ,  *胃腫瘍 ,  *選択的スプライシング ,  スプライシング因子
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  臨床評価 ,  *差次的遺伝子発現 ,  臨床的特徴 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 胃癌 ,  選択的スプライシング ,  差次的に発現したASイベント ,  予後シグネチャ ,  スプライシング因子

分類 (2件)： 消化器の腫よう  (GH04000D) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (40件)：

• BalachandranV. P.GonenM.SmithJ. J.DeMatteoR. P. (2015). Nomograms in oncology: more than meets the eye. Lancet Oncol. 16 e173-e180. doi: 10.1016/S1470-2045(14)71116-7
• BlancheP.DartiguesJ. F.Jacqmin-GaddaH. (2013). Estimating and comparing time-dependent areas under receiver operating characteristic curves for censored event times with competing risks. Stat. Med. 32 5381-5397. doi: 10.1002/sim.5958 24027076
• BradleyC. A.Salto-TellezM.Laurent-PuigP.BardelliA.RolfoC.TaberneroJ. (2017). Targeting c-MET in gastrointestinal tumours: rationale, opportunities and challenges. Nat. Rev. Clin. Oncol. 14 562-576. doi: 10.1038/nrclinonc.2017.40 28374784
• BrayF.FerlayJ.SoerjomataramI.SiegelR. L.TorreL. A.JemalA. (2018). Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin. 68 394-424. doi: 10.3322/caac.21492 30207593
• CaoW.SohailM.LiuG.KoumbadingaG. A.LoboV. G.XieJ. (2011). Differential effects of PKA-controlled CaMKK2 variants on neuronal differentiation. RNA Biol. 8 1061-1072. doi: 10.4161/rna.8.6.16691 21957496

タイトルに関連する用語 (7件)： 胃癌 ,  差次的発現 ,  オルタナティブスプライシング ,  事象 ,  系統 ,  解析 ,  臨床的意義