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J-GLOBAL ID：202002288765580005   整理番号：20A0210394

Pyropia haitanensis(Bangiales,Rhodophyta)の染色体レベルゲノム集合【JST・京大機械翻訳】

A chromosome-level genome assembly of Pyropia haitanensis (Bangiales, Rhodophyta)

著者 (26件)： Cao Min (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Cao Min (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Xu Kuipeng (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Xu Kuipeng (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Yu Xinzi (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Yu Xinzi (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Bi Guiqi (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Bi Guiqi (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Liu Yang (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Liu Yang (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Kong Fanna (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Kong Fanna (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Sun Peipei (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Sun Peipei (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Tang Xianghai (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Tang Xianghai (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Du Guoying (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Du Guoying (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Ge Yuan (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Ge Yuan (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Wang Dongmei (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Wang Dongmei (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (Laboratory for Marine Biology and Biotechnology, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (Key Laboratory of Utilization and Conservation for Tropical Marine Bioresources (Hainan Tropical Ocean University), Ministry of Education, Sanya, China)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 20  号： 1  ページ： 216-227  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 主要な経済的に重要な海洋作物であるPyropia haitanensis(Bangiales,Rhodopyta)は,性生殖や潮間帯の非生物的ストレスへの適応のようないくつかの主要な生物学的問題に対処するRhodopytaの理想的な研究モデルと考えられている。しかしながら,基礎となる分子機構を解読するための比較ゲノム解析は,高品質ゲノム情報の欠如により妨げられている。したがって,著者らは,Illina短読み取り配列決定,PacBio単分子配列決定およびバイオノ光学的ゲノムマッピングからの配列決定データを統合した。集合ゲノムは約53.3Mbで,平均GC%は67.9%であった。コンティグN50と足場N50は,それぞれ510.3kbと5.8Mbであった。さらに,全集合(42.7Mb)の80.9%を占める10のスーパー足場を固定し,マーカーと遺伝的距離に基づいて5つの連鎖群に配向させた。この結果は,P.haitanensisにおける細胞学的観察に基づく5つの染色体(n=5)の核型と一致する。ゲノム領域の約9.6%と14.6%は,それぞれ散在反復とタンデム反復要素であった。PacBioにより生成された完全長トランスクリプトームデータに基づき,10903蛋白質コード遺伝子を同定した。全ゲノム系統樹の構築により,P.haitanensisとPorphyra umbilicalisの発散時間は~204.4Maであることを示した。種間比較により,493遺伝子ファミリーが拡大し,449がP.haitanensisゲノムにおいてPo.babicalisゲノムにおけるそれらと比較して収縮していることを明らかにした。同定されたゲノムは,紅藻のゲノム進化と潮間帯ストレスへの遺伝的適応に関するさらなる研究に対して大きな価値がある。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アノテーション ,  *ゲノム ,  潮間帯 ,  生殖 ,  系統樹 ,  核型 ,  農作物 ,  *染色体 ,  海洋 ,  タンパク質 ,  ポロニウム ,  アマノリ属 ,  遺伝 ,  紅藻類 ,  遺伝子

著者キーワード (6件)： 比較ゲノム解析 ,  ゲノムアノテーション ,  ゲノム構築 ,  Pyropia Haitanensis ,  反復注釈 ,  全ゲノム配列決定

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： Pyropia ,  Rhodophyta ,  染色体 ,  ゲノム ,  集合