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J-GLOBAL ID：202002289572944110   整理番号：20A0796842

中国の家禽屠殺場から分離したBLA_CTX-M-14Bの染色体統合による多剤耐性Salmonella enterica血清型ケンタッキーST198のドラフトゲノム配列【JST・京大機械翻訳】

Draft genome sequence of a multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 with chromosomal integration of bla _CTX-M-14b isolated from a poultry slaughterhouse in China

著者 (5件)： Lei Chang-Wei (College of Life Sciences, Sichuan University, Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education, Animal Disease Prevention and Food Safety Key Laboratory of Sichuan Province, Chengdu, Sichuan, China) ,  Zhang Yu (College of Life Sciences, Sichuan University, Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education, Animal Disease Prevention and Food Safety Key Laboratory of Sichuan Province, Chengdu, Sichuan, China) ,  Wang Xue-Chun (College of Life Sciences, Sichuan University, Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education, Animal Disease Prevention and Food Safety Key Laboratory of Sichuan Province, Chengdu, Sichuan, China) ,  Gao Yu-Feng (College of Life Sciences, Sichuan University, Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education, Animal Disease Prevention and Food Safety Key Laboratory of Sichuan Province, Chengdu, Sichuan, China) ,  Wang Hong-Ning (College of Life Sciences, Sichuan University, Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education, Animal Disease Prevention and Food Safety Key Laboratory of Sichuan Province, Chengdu, Sichuan, China)
資料名： Journal of Global Antimicrobial Resistance  (Journal of Global Antimicrobial Resistance)
巻： 20  ページ： 145-146  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3403A  ISSN： 2213-7165  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究の目的は,中国の家禽屠殺場から分離した多剤耐性(MDR)Salmonella enterica血清型Kentucky株(XJ9S)のドラフトゲノム配列を特性化することであった。ゲノムをIllina HiSeqプラットフォームを用いて配列決定し,Spade_3.12.0を用いて組み立てた。CGE細菌分析パイプラインを用いて,菌株XJ9Sにおける抗菌耐性遺伝子(ARGs)およびプラスミドの存在と同様に配列型(ST)を同定した。MDR Salmonellaゲノムアイランド1(SGI1)フラグメントを運ぶコンティグ間のギャップをPCR連鎖と配列決定により満たした。菌株XJ9Sのドラフトゲノムは,4785059bpの合計組立サイズを有する54のコンティグに組み立てられた。XJ9SはST198に属し,5つの獲得ARGs[bla_CTX-M-14b,sul1,tetA(A),aacCA5およびaadA7]を獲得した。bla_CTX-M-14b遺伝子は染色体に挿入された2849bp ISEcp1仲介トランスロケータ単位に位置していた。他の4つの後天性ARGsはSGI1-K群に属するSGI1(SGI1-XJ9S;38593bp)の新しい変異体によって運ばれた。さらに,キノロン抵抗性決定領域(QRDR)における点突然変異は,GyrAの83(Ser83Phe)および87(Asp87Gly)の位置およびParCの80(Ser80Ile)の位置で見出された。本研究では,新しいSGI1変異体(SGI1-XJ9S)を初めて特性化した。家禽屠殺場から分離されたS.Kentucky ST198株XJ9Sのドラフトゲノム配列は,家禽製品加工から消費までのこのMDRクローンの潜在的広がりを追跡するための価値ある情報を提供する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *染色体 ,  *屠殺場 ,  *ゲノム ,  *家禽 ,  *サルモネラ属 ,  プラスミド ,  クローン ,  *血清型 ,  点突然変異 ,  *多剤耐性
準シソーラス用語： *Salmonella enterica ,  *ゲノム配列 ,  コンティグ ,  耐性遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Salmonella enterica ,  Salmonella ケンタッキー ,  ST198 ,  多剤耐性 ,  Salmonellaゲノム島1

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (11件)： 中国 ,  家禽 ,  屠殺場 ,  染色体 ,  統合 ,  多剤耐性 ,  Salmonella ,  血清型 ,  ケンタッキー ,  ドラフト ,  ゲノム配列