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J-GLOBAL ID：202002290886625707   整理番号：20A1503292

再現性のあるバイオインフォマティクスワークフローを創造し実行するためのBioDepot-ワークフロー-Builderの利用【JST・京大機械翻訳】

Using BioDepot-workflow-Builder to Create and Execute Reproducible Bioinformatics Workflows

著者 (3件)： Yeung Ka Yee (University of Washington, Tacoma, WA, USA) ,  Hung Ling-Hong (University of Washington, Tacoma, WA, USA) ,  Lloyd Wes (University of Washington, Tacoma, WA, USA)
資料名： ACM Proceedings  (ACM Proceedings)
号： BCB ’18  ページ： 557  発行年： 2018年 
JST資料番号： D0698C  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 再現性は科学的研究の検証と進歩に必須である。コードを再構成するだけでなく,ソフトウェアとハードウェア環境も計算解析の結果を再現する必要がある。Dockerのようなソフトウェアコンテナは,全体のコンピューティング環境を分布して,バイオインフォマティクスにおいて急速に人気を得ている。Dockerは,バイオインフォマティクスワークフローの再現可能な展開を可能にするだけでなく,複雑でおそらく矛盾するソフトウェア要求を持つ異なるワークフローからの成分の混合とマッチを容易にする。しかし,コマンドラインツールのDockerの配置と展開は,プログラミングと技術的スキルにおける限られた訓練を有する生物医学研究者にとって,非常に挑戦的である。Dockerワークフローを組み立て,複製し,修正し,実行することを可能にする,Biodepot-Workflow-Builder(Bwb)と呼ばれる抗力とドロップGUIを開発した。Bwbは,カンバスに抗力され,一緒に接続され,分析パイプラインのグラフィカル表現を形成するように,個々のソフトウェアモジュールを表す。これらのウィジットは,他の言語で書かれたソフトウェアツールが互換性があり,モジュールバイオインフォマティクスワークフローを構築するために使用できるように,ユーザインタフェイスをソフトウェアコンテナと相互作用することができる。RNA配列決定データワークフローを作成し実行するために,Bwbを用いた事例研究を提示する。Please refer to this article’s citation page on the publisher website for specific rights information. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗力 ,  相互作用 ,  言語 ,  互換性 ,  コンテナ ,  RNA【核酸】 ,  帆布 ,  再現性 ,  ハードウェア ,  ソフトウェア ,  事例研究 ,  支援プログラム ,  ユーザインタフェイス ,  *ワークフロー
準シソーラス用語： *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 生物情報学 ,  コンテナ技術 ,  データ科学 ,  ソフトウェア

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 再現性 ,  創造 ,  ワークフロー