文献

J-GLOBAL ID：202002291370641389   整理番号：20A0618236

頸部微生物叢の特性化のためのイオンTorrent V4とIllumina V3-V416S rRNA遺伝子メタバーコーディング法の比較分析:分類学的および機能的プロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Comparative analyses of Ion Torrent V4 and Illumina V3-V4 16S rRNA gene metabarcoding methods for characterization of cervical microbiota: taxonomic and functional profiling

著者 (4件)： Onywera Harris (Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences, University of Cape Town, Anzio Road, Observatory 7925, Cape Town, Western Cape, Cape Town) ,  Onywera Harris (Division of Medical Virology, Department of Pathology, Faculty of Health Sciences, University of Cape Town, Western Cape, Cape Town) ,  Meiring TracyL. (Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences, University of Cape Town, Anzio Road, Observatory 7925, Cape Town, Western Cape, Cape Town) ,  Meiring TracyL. (Division of Medical Virology, Department of Pathology, Faculty of Health Sciences, University of Cape Town, Western Cape, Cape Town)
資料名： Scientific African  (Scientific African)
巻： 7  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W5514A  ISSN： 2468-2276  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング技術は前例のない分解能で微生物相の特性化を可能にした。Microbiota研究方法論は,使用されるプライマー選択,配列決定技術,およびバイオインフォマティクスパイプラインにおいて,絶えず改善され,異なっている。これらの変動は,研究を通して微生物相の結果の比較可能性に影響を与える可能ここでは,19の頚部試料を用いて,プライマー選択と用いた配列決定技術において異なる2つのメタマーコーディング法の性能を比較した。著者らは,Illina MiSeq(IM-V3/V4法)を用いて,Ion Torrent PGM(IT-V4法)とV3-V416S rRNAライブラリーを用いてV416S rRNAライブラリーを配列した。微生物群集をQIIMEとUPARSEを用いて分析した。IT-V4とIM-V3/V4データセットの間の共有された属の豊度の線形相関を,ピアソンの相関(r)を用いて計算した。Procrustes分析を用いて,2つの方法からのβの多様性の推定が,1000のMonte Carlo permutation<0.3およびp<0.05からの適合性(M2)と一致するかどうかを調べた。2つのデータセットにおける微生物相の機能モジュールを,それぞれPICRUStとLEfSeを用いて予測し,分析した。IM-V3/V4法は,IT-V4法よりも,より長く2.4倍の処理後の読み取りをもたらした。より多くのIM-V3/V4読み取りはIT-V4読み取り(家族:99.8%対96.1%と属:95.9%対92.2%)より分類された。全体として,IM-V3/V4およびIT-V4法は共有属の平均相対存在度(n=36,r=0.89,p<0.0001)および機能モジュール(n=265,r=1.00,p<0.0001)において高い相関を示した。しかし,相関はGardnerella(r=0.35)とClostridium(r=0.15)で低く,それらの相対存在量はIT-V4とIM-V3/V4データセットでそれぞれ有意に高かった。さらに,7つの代謝経路は2つのデータセット間で一貫して異なっていた(p<0.05,LDAスコア>2.0)。Procrustes分析は,2つの方法の間で統計的に一貫した分類学的および機能的クラスタ化を示した(Count_Better=0,M2=0.2~0.3,p<0.0001)。著者らの研究は,IT-V4とIM-V3/V416S rRNA遺伝子の代謝コード化法からの頚部微生物相プロファイルが一般的に同等であることを強調する。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 照明 ,  適応性 ,  クラスタ化 ,  *rRNA ,  キャラクタリゼーション ,  *遺伝子 ,  分解能 ,  Clostridium ,  *ミクロフローラ ,  代謝経路
準シソーラス用語： 微生物コンソーシアム ,  バイオインフォマティクス ,  次世代シークエンシング ,  プロファイリング ,  *分類学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： V416S rRNA ,  V3-V416S rRNA ,  イオンTorrent ,  照明 ,  頸部微生物相 ,  相対的存在量

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： 頸部 ,  微生物叢 ,  特性化 ,  イオン ,  rRNA遺伝子 ,  メタバーコーディング法 ,  比較分析 ,  プロファイリング