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J-GLOBAL ID：202002291496047114   整理番号：20A2760508

SPINK1イントロン変異体のための臨床診断パイプラインに向けて【JST・京大機械翻訳】

Toward a clinical diagnostic pipeline for SPINK1 intronic variants

著者 (20件)： Tang Xin-Ying (Department of Gastroenterology, Changhai Hospital, The Second Military Medical University, Shanghai, China) ,  Tang Xin-Ying (Shanghai Institute of Pancreatic Diseases, Shanghai, China) ,  Lin Jin-Huan (Department of Gastroenterology, Changhai Hospital, The Second Military Medical University, Shanghai, China) ,  Lin Jin-Huan (Shanghai Institute of Pancreatic Diseases, Shanghai, China) ,  Lin Jin-Huan (EFS, Univ Brest, Inserm, UMR 1078, GGB, Brest, France) ,  Zou Wen-Bin (Department of Gastroenterology, Changhai Hospital, The Second Military Medical University, Shanghai, China) ,  Zou Wen-Bin (Shanghai Institute of Pancreatic Diseases, Shanghai, China) ,  Masson Emmanuelle (EFS, Univ Brest, Inserm, UMR 1078, GGB, Brest, France) ,  Masson Emmanuelle (CHU Brest, Service de Genetique, Brest, France) ,  Boulling Arnaud (EFS, Univ Brest, Inserm, UMR 1078, GGB, Brest, France) ,  Deng Shun-Jiang (Department of Gastroenterology, Changhai Hospital, The Second Military Medical University, Shanghai, China) ,  Deng Shun-Jiang (Shanghai Institute of Pancreatic Diseases, Shanghai, China) ,  Cooper David N. (Institute of Medical Genetics, School of Medicine, Cardiff University, Cardiff, UK) ,  Liao Zhuan (Department of Gastroenterology, Changhai Hospital, The Second Military Medical University, Shanghai, China) ,  Liao Zhuan (Shanghai Institute of Pancreatic Diseases, Shanghai, China) ,  Ferec Claude (EFS, Univ Brest, Inserm, UMR 1078, GGB, Brest, France) ,  Ferec Claude (CHU Brest, Service de Genetique, Brest, France) ,  Li Zhao-Shen (Department of Gastroenterology, Changhai Hospital, The Second Military Medical University, Shanghai, China) ,  Li Zhao-Shen (Shanghai Institute of Pancreatic Diseases, Shanghai, China) ,  Chen Jian-Min (EFS, Univ Brest, Inserm, UMR 1078, GGB, Brest, France)
資料名： Human Genomics (Web)  (Human Genomics (Web))
巻： 13  号： 1  ページ： 1-11  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7322A  ISSN： 1479-7364  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 慢性膵炎におけるSPINK1イントロン変異体の臨床的意義は,細胞培養に基づく完全長遺伝子アッセイを含む種々のアプローチによって以前に評価された。このアッセイの結果とin silicoスプライシング予測の間の密接な相関が明らかであった。しかし,現在まで,SPINK1イントロン変異体を正確かつ効率的に分類するために特別に設計された臨床診断パイプラインは不足している。ここでは,そのようなパイプラインをちょうど提示し,新規に記載されたSPINK1イントロン変異体の分類を増強させる際の有効性と潜在的有用性を調べた。3つの最近報告された病原性SPINK1イントロン変異体との関連で,in silicoスプライシング予測と細胞培養に基づく完全長遺伝子アッセイとの密接な相関を確認した。次に,in silicoスプライシング予測と完全長遺伝子アッセイを段階的アプローチに統合し,SPINK1イントロン変異体の2つの新規データセットの分類におけるその有用性を試験した。第1のデータセットは,SPINK1遺伝子の全イントロン配列を配列決定することによって,52の遺伝的に説明できない中国人慢性膵炎患者で同定された16の深いイントロン変異体から成った。第2のデータセットは,フランスの膵炎患者におけるSPINK1遺伝子のルーチン分析を通して同定された5つの新規まれな近位イントロン変異体から成った。集団頻度フィルタとして>5%のマイナーアレル頻度を用いて,16の深いイントロン変異体のうちの6つを直ちに良性として分類した。残りの10の深部イントロン変異体のin silico予測とスプライス部位選択に対するそれらの可能性のある影響に関する5つのまれな近位イントロン変異体は,1つの近位イントロン変異体,c.194+5G>Aが機能的意義の可能性があることを示唆した。細胞培養に基づく完全長遺伝子アッセイを用いて,7つの予測非機能的変異体と共に,c.194+5G>Aを機能的に分析し,それにより,全ての場合におけるスプライシングに対する予測効果を検証した。SPINK1イントロン変異体の分類のための細胞培養に基づく完全長遺伝子アッセイと組み合わせたin silico予測の精度と効率を実証した。これらの知見に基づいて,臨床診断設定におけるSPINK1イントロン変異体を分類するための操作パイプラインを提案した。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： フィルタ ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  細胞培養 ,  フランス共和国 ,  マイナ ,  病原性 ,  膵臓炎 ,  有効性 ,  ルーチン分析 ,  遺伝子頻度 ,  *イントロン
準シソーラス用語： in silico ,  *臨床診断 ,  中国人 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 異常スプライシング ,  Alamutソフトウェアスイート ,  慢性すい炎 ,  潜在スプライス部位 ,  深いイントロン変異体 ,  genomAD ,  in silicoスプライシング予測 ,  失われた遺伝性 ,  SPINK1遺伝子 ,  スプライス部位コンセンサス配列

分類 (2件)： 先天性疾患・奇形一般  (GD03010V) ,  泌尿生殖器の疾患  (GM03000L)

引用文献 (59件)：

• Pancreatology; Chronic pancreatitis: an international draft consensus proposal for a new mechanistic definition; DC Whitcomb, L Frulloni, P Garg, JB Greer, A Schneider, D Yadav; 16; 2016; 218-224; 10.1016/j.pan.2016.02.001; citation_id=CR1
• Annu Rev Genomics Hum Genet; Chronic pancreatitis: genetics and pathogenesis; JM Chen, C Férec; 10; 2009; 63-87; 10.1146/annurev-genom-082908-150009; citation_id=CR2
• Annu Rev Med; Genetic aspects of pancreatitis; DC Whitcomb; 61; 2010; 413-424; 10.1146/annurev.med.041608.121416; citation_id=CR3
• Dig Dis Sci; Genetic risk in chronic pancreatitis: the trypsin-dependent pathway; E Hegyi, M Sahin-Tóth; 62; 2017; 1692-1701; 10.1007/s10620-017-4601-3; citation_id=CR4
• Nat Rev Dis Primers; Chronic pancreatitis; J Kleeff, DC Whitcomb, T Shimosegawa, I Esposito, MM Lerch, T Gress; 3; 2017; 17060; 10.1038/nrdp.2017.60; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： SPINK1 ,  イントロン ,  変異体 ,  臨床診断 ,  パイプライン