抄録/ポイント：
抄録/ポイント
文献の概要を数百字程度の日本語でまとめたものです。
部分表示の続きは、JDreamⅢ(有料)でご覧頂けます。
J-GLOBALでは書誌(タイトル、著者名等)登載から半年以上経過後に表示されますが、医療系文献の場合はMyJ-GLOBALでのログインが必要です。
【目的】神経膠芽腫(GBM)における鍵となる遺伝子,シグナル経路,および予後バイオマーカーをバイオインフォマティクスによってスクリーニングする。方法:ハイスループット遺伝子発現データベース(geneexpressionomnibus,GEO)からGBMの5つのデータセットにおける遺伝子チップデータをダウンロードした。まず、原始データに対して前処理を行い、R言語におけるlimmaパッケージ分析を用いて、GBMの発生発展過程に関与する差異発現遺伝子(differentiallyexpressedgenes,DEGs)を獲得した。遺伝子オントロジー(geneontology,GO)分析,京都遺伝子とゲノム百科全書(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)をアノテーション遺伝子の機能として,DEGsに対して遺伝子オントロジー(geneontology,GO)分析,京都遺伝子とゲノム百科全書(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)に行った。KEGG分析で、すべての遺伝子の発現行列に対して遺伝子集合濃縮分析(genesetenrichmentanalysis,GSEA)を行った。STRINGによりDEGsのタンパク質相互作用ネットワーク(protein-proteininteraction,PPI)を構築し、注釈タンパク質間の相互作用により、相互に最も高いHub遺伝子を得た。癌遺伝子地図データベース(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)におけるGBMの遺伝子チップデータと臨床予後資料をダウンロードし、COX回帰モデルでDEGsの予後価値を評価し、そしてリスク比(hazardratio)を検査する。HRが最も高い遺伝子は総生存(ovarallsurvival,OS)分析を行う。【結果】797のDEGs-GO分析を,DEGsが神経伝達物質輸送,シナプス後膜電位の調節,および膜電位の調節に関与することを示した。KEGG分析の結果は,主に細胞周期,ECM-受容体,FoxO,HIF-1,P53およびPI3K-Aktシグナル経路に富んだ。GSEA分析は,NF-κBシグナル伝達経路とP53シグナル伝達経路がGBM機構において重要な役割を果たすことを示した。10のHub遺伝子をPPIネットワーク分析によって得た。COX回帰モデルとOS分析の結果,ANXA2(HR=1.53,P=0.011),DNAJA4(HR=1.45,P=0.030),P4HB(HR=1.66,P=0.002),VMP1(HR=1.64,P=0.002),P4HB(HR=1.66,P=0.002)。P=0.005),MICAL2(HR=1.83,P<0.001),EMP3(HR=1.67,P=0.006),PAK1(HR=1.69,P=0.002)とTIMP1(HR=1.54,P=0。010)の高発現は患者の予後が悪いことを表明した。結論:バイオインフォマティクス分析により、GBMに関与する重要な生物過程を定義し、GBMの発生発展に関与する重要な分子、シグナル経路と予後バイオマーカーも得られた。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】
