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J-GLOBAL ID：202002292794668638   整理番号：20A2408765

肝内胆管癌の予後関連遺伝子をTCGAデータに基づいて予備的に探査した。【JST・京大機械翻訳】

Preliminary exploration of prognosis-related genes of intrahepatic cholangiocarcinoma based on TCGA database

著者 (5件)： Wang Xinjing (北京市海淀医院 普通外科,北京 100080) ,  Jia Limeng (北京市海淀医院 普通外科,北京 100080) ,  Liu Ming (北京市海淀医院 普通外科,北京 100080) ,  Ou Yunsong (北京市海淀医院 普通外科,北京 100080) ,  Bai Yuekui (北京市海淀医院 普通外科,北京 100080)
資料名： Gandanyi Waike Zazhi  (Gandanyi Waike Zazhi)
巻： 32  号： 8  ページ： 494-498  発行年： 2020年 
JST資料番号： C3339A  ISSN： 1007-1954  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的:TCGAデータベースにおける肝内胆管癌(ICC)のハイスループットシークエンシングデータを分析し、その予後関連遺伝子を探し、リスクモデルを構築し、そのICC組織における発現及び作用経路を検討する。方法:TCGAデータベース中の33例のICC組織と8例の癌周囲組織中のRNA-seq発現マトリックスデータと患者の臨床資料情報をダウンロードし、edgeRソフトウェアパッケージを用いて遺伝子差次的発現分析を行い、単変量Cox回帰分析により予後関連差異遺伝子をスクリーニングした。差異遺伝子に対して生存曲線を描き、臨床意義のある遺伝子を選び、多因子Cox回帰分析によりリスクモデルを構築し、京都遺伝子とゲノム百科全書(KEGG)経路濃縮分析を通じて、予後関連遺伝子の作用経路を了解した。結果:edgeR分析後、6617個の差異遺伝子(スクリーニング基準は|log2FoldChange|>1、P<0.05)が得られ、そのうち高発現群は4094個、低発現群は2523個であった。機能濃縮により、これらの遺伝子は化学物の発癌作用、薬物代謝-チトクロームP450系、チトクロームP450の異バイオマスへの代謝影響及びレチノール代謝経路に集中していることが分かった。単変量Cox回帰、Rソフトウェア“survival”の生存曲線分析によると、UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMTの五つの遺伝子はICC患者の予後に対して著しい影響がある。多変量Cox回帰分析により、CST1、PEMT、PROS1構築のリスクモデルはICC患者の予後に対して判断作用を有する。結論:UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT遺伝子はICC予後判断の指標となり、後続臨床試験にデータサポートを提供する。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 回帰分析 ,  データベース ,  *遺伝子 ,  発癌 ,  臨床試験 ,  代謝経路 ,  プログラムパッケージ ,  ソフトウェア ,  *予後 ,  スクリーニング ,  脂環式化合物 ,  ビタミンA ,  ポリエン ,  不飽和アルコール
準シソーラス用語： 配列解析 ,  ハイスループット ,  差次的遺伝子発現 ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 消化器の腫よう  (GH04000D) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

物質索引 (1件)： レチノール

タイトルに関連する用語 (4件)： 肝内胆管癌 ,  予後 ,  遺伝子 ,  探査