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J-GLOBAL ID：202002296792222690   整理番号：20A1929788

CRISPRプールスクリーンデータのベータ二項モデリングは,より大きな感度とより少ない偽陰性を持つ標的遺伝子を同定する【JST・京大機械翻訳】

Beta-Binomial Modeling of CRISPR Pooled Screen Data Identifies Target Genes with Greater Sensitivity and fewer False Negatives

著者 (5件)： Jeong Hyun-Hwan (Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA) ,  Kim Seon Young (Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA) ,  Rousseaux Maxime W. C. (University of Ottawa, Ottawa, ON, Canada) ,  Zoghbi Huda Y. (Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA) ,  Liu Zhandong (Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA)
資料名： ACM Proceedings  (ACM Proceedings)
号： BCB ’19  ページ： 552  発行年： 2019年 
JST資料番号： D0698C  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CRISPR(Clustered regularly Interspaced Short Paindrometic Repeats)/Cas9遺伝子編集プラットフォームは簡単,コスト効果,ロバストであり,高スループットプールスクリーンアプローチがどの研究室でもアクセスできる。結果として,大量の次世代配列決定データが高速に生成されるが,このデータの利用は3つのハードルにより困難である:ヒット遺伝子を同定するための統計モデルの設計,配列データから各単一ガイドRNA(sgRNA)の読み出しを抽出するための正確なアラインメントアルゴリズムを開発し,調整されるべきパラメータを最小化するための正確なアラインメントアルゴリズムを開発する。上記の課題に取り組むためのいくつかの方法が提案されているが,それらの大部分は,sgRNAスクリーンデータの構造が過剰分散する傾向があるRNA-seqデータの性質から遠く離れているにもかかわらず,CRISPRプールスクリーンデータをモデル化するための負の二項分布を用いている。RNA-seqデータにおいて,転写物の長さは変化し,一方,CRISPRシステムに使用されるsgRNAの長さは,しばしば過小分散をもたらす遺伝子において同一であるように設計した。ここでは,CRISPRプールスクリーンデータ(urlhttps://CRAN.R-project.org/package=CB2)サイトJeong0102019をよりよくモデル化するβ-二項分布を用いるCRISPRベータ二項(CB超記述2)を提案した。公開されたスクリーンデータセットを用いて,CBスーパークリプト2の精度をベンチマークし,8つの発表された方法と比較した。CBスーパースクリプト2は,アラインメントとターゲット同定(Figure effig:teaser)の両方で他の方法より優れている。CRISPRクラウド(urlhttp://crispr.nrihub.org)の協力でCRISPRプールスクリーンから新しい生物学的知見の発見も加速する。最後は,収縮する。Please refer to this article’s citation page on the publisher website for specific rights information. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アラインメント ,  アルゴリズム ,  二項分布 ,  *スクリーン ,  *遺伝子 ,  統計模型 ,  ベンチマーク ,  ロバスト性
準シソーラス用語： ハイスループット ,  *偽陰性 ,  RNA-seq ,  sgRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： ベータ二項 ,  クリスプ ,  プールされた遺伝子スクリーン

分類 (3件)： 遺伝子操作  (EC02050B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： CRISPR ,  モデリング ,  感度 ,  偽陰性 ,  標的遺伝子 ,  同定