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J-GLOBAL ID：202002298022466051   整理番号：20A2159280

非モデル昆虫の到達可能なオプションとしての染色体レベルハイブリッドde novoゲノムアセンブリ【JST・京大機械翻訳】

Chromosome-level hybrid de novo genome assemblies as an attainable option for nonmodel insects

著者 (7件)： Jaworski Coline C. (Department of Entomology, The University of Arizona, Tucson, AZ, USA) ,  Jaworski Coline C. (Univ Avignon, CNRS, IRD, IMBE, Aix Marseille Universite, Marseille, France) ,  Jaworski Coline C. (Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK) ,  Allan Carson W. (Department of Entomology, The University of Arizona, Tucson, AZ, USA) ,  Matzkin Luciano M. (Department of Entomology, The University of Arizona, Tucson, AZ, USA) ,  Matzkin Luciano M. (BIO5 Institute, The University of Arizona, Tucson, AZ, USA) ,  Matzkin Luciano M. (Department of Ecology and Evolutionary Biology, The University of Arizona, Tucson, AZ, USA)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 20  号： 5  ページ： 1277-1293  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 第3世代配列決定(3GS;長読)の出現は,de novoゲノムアセンブリにおける染色体サイズフラグメントの目標に近づいている。これは多くの非モデル生物に対するゲノム進化に関する新規で広範な疑問の探索を可能にする。しかしながら,長読技術は,より高い配列エラー率をもたらし,従って,十分な品質を達成するために十分なカバレッジのコストを課す。この状況において,短いリードと長いリードを組み合わせたハイブリッド集合体は,de novo,染色体レベルゲノムアセンブリーを生成するための代替効率的で費用対効果の高いアプローチを提供する。ハイブリッドゲノムアセンブリ,配列補正および操作のための利用可能なソフトウェアプログラムのアレイは,絶えず拡大し,改良されている。これは,特に参照ゲノムを欠く非モデル生物の場合,または近縁種からの1つで,ゲノムアセンブリのための効率的で,高速で扱いやすい計算解を見つけるのに,非専門家が困難になる。本研究では,モデル生物Drosophila melanogasterを非モデル好性ショウジョウバエ,D.mojavensisと比較して,ハイブリッド集合体に対する最新のパイプラインについてレビューし,試験した。dbg2olcパイプラインを用いて,この非モデル生物に対する優れた近接性を達成できることを示した。Copyright 2020 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *染色体 ,  *ゲノム ,  *昆虫類 ,  ソフトウェア ,  誤り率 ,  ショウジョウバエ ,  凝集体
準シソーラス用語： キイロショウジョウバエ ,  費用対効果 ,  近縁種 ,  近接性 ,  ゲノム進化 ,  *ゲノムアセンブリ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： - ,  - ,  - ,  - ,  - ,  -

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： モデル ,  昆虫 ,  オプション ,  染色体 ,  ゲノムアセンブリ