ジャガイモウイルスY非組換株におけるコドン使用バイアスの解析【JST・京大機械翻訳】

Gomez Mariela Martinez; de Mello Volotao Eduardo; Assandri Isabel Rodriguez; Peyrou Mercedes; Cristina Juan

文献

J-GLOBAL ID：202002299628603451 整理番号：20A1920272

ジャガイモウイルスY非組換株におけるコドン使用バイアスの解析【JST・京大機械翻訳】

Analysis of codon usage bias in potato virus Y non-recombinant strains

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資料名：
巻： 286 ページ： Null 発行年： 2020年
JST資料番号： A0381D ISSN： 0168-1702 CODEN： VIREDF 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

ジャガイモウイルスY(PVY)は,ジャガイモ,タバコ,トマトおよびコショウのような経済的に重要な作物に影響する最も壊滅的な害虫の1つと考えられている。その経済的意義および生物学的および分子的複雑性は,大きな注目を喚起し,従って,いくつかの研究は,その遺伝的特性を探った。しかし,PVYコドン使用についてはほとんど知られていない。ウイルスと宿主の間のコドン使用の関係に光を当てるためには,ウイルスの生存,適応度および進化を理解するために極めて重要である。本研究では,公開データベースから抽出した130の完全オープンリーディングフレーム配列に基づいて,PVY非組換え株(PVYN-NA,PVYEu-N,PVYO5,PVYC)のコドン使用と組成の包括的解析を行った。さらに,PVYとその主宿主の同義コドン使用の類似性を調べた。本研究で得られた結果は,PVY遺伝子型間の全体的なコドン使用が類似し,わずかに偏っていることを示唆する。PVYコドン使用は変異バイアスにより強く影響されるが,G+C組成制約とジヌクレオチド組成によっても影響を受ける。さらに,PVY株と分析した宿主の間のコドン使用選好間の類似性が観察された。Copyright 2020 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスによる植物病害

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