特許

J-GLOBAL ID：202003000964821511

核酸の正確な超並列定量化

発明者： タンミネン マヌ ,  ユリアン ティモシー ,  スパーク イェニー ,  カドゥフ レーア ,  シッファー ハンナ
出願人/特許権者： エーアーヴェーアーゲー, スイス フェデラル インスティテュート オブ アクアティック サイエンス アンド テクノロジー
代理人 (1件)： 川守田 光紀
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2020-511454
公開番号（公開出願番号）：特表2020-532970
出願日： 2018年08月23日
公開日（公表日）： 2020年11月19日
要約：

本明細書の開示は、次世代DNA塩基配列決定法、及び1個以上の核酸標的の正確な超並列定量化のための使用に関する。より詳細には、本発明は、ヒト及び動物集団並びに環境試料における遺伝子標的及び変異体の検出に主に使用される複合DNAプール中の遺伝子標的を検出し、定量化するためのプローブを含む方法及びキットに関係する。さらに、本発明は、生検材料、唾液及び他の分泌物、呼気水分抽出物、組織、血漿(液体生検材料)などを含めて、ただしそれらに限定されない、人体から得られる試料中の疾患を引き起こす遺伝子変化の検出の分野に特に応用される。本発明は、遺伝子標的1個当たり1個以上の標的特異的核酸プローブ(左プローブ及び右プローブ)及び架橋オリゴを含む。 【選択図】図2A

請求項（抜粋）：

複数の試料における1つ以上の標的ヌクレオチド配列のハイスループット検出方法であって、 (i)前記試料の各々における各標的ヌクレオチド配列に対して第1のプローブ、第2のプローブ及び架橋オリゴを与えること、 ここで、前記第1のプローブは、分子の5'末端から出発して、第1の架橋オリゴ特異的配列、任意選択で第1の配列バーコード、及び第1のプローブの3'末端における第1の標的特異的部分を含み、 前記第2のプローブは、分子の5'末端から出発して、第2の標的特異的部分、任意選択で第2の配列バーコード、及び第2のプローブの3'末端における第2の架橋オリゴ特異的配列を含み、 前記架橋オリゴは、前記第1のプローブ及び前記第2のプローブのそれぞれ前記第1の架橋オリゴ特異的配列及び前記第2の架橋オリゴ特異的配列に相補的な配列、並びに任意選択で第3のバーコードを含み、 前記第1の配列バーコード又は前記第2の配列バーコード又は前記第3のバーコードの少なくとも1つがそれぞれ前記第1のプローブ又は前記第2のプローブ又は前記架橋オリゴ中に存在し、 T7RNAポリメラーゼ用プロモーター配列が前記第1のプローブ、前記第2のプローブ又は前記架橋オリゴ中に存在する、 前記与えること、 (ii)前記1つ以上の標的ヌクレオチド配列の各々について、前記第1のプローブ及び前記第2のプローブを、好ましくは分離管中の前記試料の各々で、前記架橋オリゴと接触させ、自己アニーリングさせて複数の連結複合体にすること、 (iii)前記標的ヌクレオチド配列について試験される前記複数の試料中に存在する核酸を前記複数の連結複合体と接触させること、 (iv)前記第1のプローブ及び前記第2のプローブのそれぞれ前記第1の標的特異的部分及び前記第2の標的特異的部分を前記標的配列上の本質的に隣接するセクションとハイブリッド形成させ、それによってハイブリダイゼーション複合体を形成すること、 (v)連結された連結複合体を与えるために前記ハイブリダイゼーション複合体中の前記第1のプローブと前記第2のプローブを連結すること、 (vi)前記複数の試料からの前記連結された連結複合体を貯蔵すること、 (viii)前記連結された連結複合体に埋め込まれた前記T7RNAポリメラーゼプロモーターからRNA合成を開始するT7RNAポリメラーゼを用いて、前記1個以上の連結複合体からRNAを増幅すること、 (xi)任意選択で、汎用部位2に対して逆相補的であるDNAオリゴヌクレオチド分子を用いて前記RNA分子からcDNAを調製すること、 (xii)1つ又は複数の識別配列を決定するために、前記RNA又は前記cDNA分子をハイスループット配列決定技術に供すること、並びに (xiii)前記第1の標的特異的部分及び/又は前記第2の標的特異的部分の少なくとも一部、及び/又は前記第1のバーコード及び/又は前記第2のバーコードの少なくとも一部、及び/又は前記第3のバーコードの少なくとも一部の測定によって前記複数の試料中の前記標的ヌクレオチド配列の存在及び/又は数を特定すること、 を含む、方法。

IPC (4件)：

C12Q 1/680 ,  C12Q 1/687 ,  C12N 15/09 ,  C12N 15/11

FI (4件)：

C12Q1/6806 Z ,  C12Q1/6876 Z ,  C12N15/09 Z ,  C12N15/11 Z

Fターム (12件)：

4B063QA13 ,  4B063QQ28 ,  4B063QQ34 ,  4B063QQ40 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ53 ,  4B063QR08 ,  4B063QR14 ,  4B063QR20 ,  4B063QR32 ,  4B063QR36 ,  4B063QS25