機能性配列選択方法及び機能性配列選択システム

発明者： , , , , ,
出願人/特許権者： , ,
代理人 (1件)：一色国際特許業務法人
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2019-055527
公開番号（公開出願番号）：特開2020-150919
出願日： 2019年03月22日
公開日（公表日）： 2020年09月24日
要約：

【課題】新規な機能性配列選択方法及び機能性配列選択システムを提供すること。【解決手段】遺伝子を細胞で発現させるための組換え遺伝子を作製するための機能性配列選択方法であって、データベースにおいて、目的遺伝子のコーディング領域の塩基配列、アミノ酸配列をコードする塩基配列、またはアミノ酸配列を用いて、相同性を有する塩基配列を検索する工程と、得られた塩基配列のうち、全体がゲノム由来である塩基配列以外の塩基配列を抽出し、(1)抽出した塩基配列に対し、上流または下流に塩基配列が存在する場合、機能性配列かどうか解析して第1の機能性配列を抽出し、(2)存在しない場合、遺伝子情報の記載に、機能性配列を示す記載があるかどうかを検索して第2の機能性配列を抽出する工程と、得られた機能性配列に対してスコアリングを行う工程と、スコアリングの結果の上位の機能性配列を選択する工程と、を含む機能性配列選択方法とする。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

遺伝子もしくはその一部の配列、遺伝子がコードするアミノ酸の配列もしくはその一部の配列、および/または前記遺伝子の遺伝子情報を含むデータを含むデータベースを用いた、目的遺伝子を細胞で発現させるための組換え遺伝子を作製するための機能性配列選択方法であって、前記目的遺伝子のコーディング領域の塩基配列もしくはアミノ酸配列またはそれらの一部を含む配列をクェリとして入力するための入力装置と、機能性配列を選択するための選択装置と、選択した機能性配列を出力するための出力装置と、を備えた機能性配列選択システムにおいて、前記入力装置が前記クェリを入力し、前記選択装置において、相同性配列検索手段が、前記データベースにおいて、前記目的遺伝子のコーディング領域の塩基配列、アミノ酸配列をコードする塩基配列、またはアミノ酸配列を用いて、当該塩基配列または当該アミノ酸配列をコードする塩基配列と相同性を有する塩基配列を検索し、第1の配列リスト記憶手段が、検索して得られた塩基配列を第1の配列リストとして記憶し、機能性配列抽出手段が、第1の配列リストから、塩基配列全体がゲノム由来である塩基配列を除去して、塩基配列全体がゲノム由来である塩基配列以外の塩基配列を抽出し、(1)抽出した塩基配列に、検索に用いた塩基配列またはアミノ酸配列をコードする塩基配列の相同領域の上流または下流に塩基配列が存在する場合、上流または下流に存在する該塩基配列が機能性配列かどうか解析して1つまたはそれ以上の第1の機能性配列を抽出し、 (2)抽出した塩基配列に、検索に用いた塩基配列またはアミノ酸配列をコードする塩基配列の相同領域の上流かつ下流に塩基配列が存在しない場合、前記データ内の前記遺伝子情報に、機能性配列を示す記載があるかどうかを検索して1つまたはそれ以上の第2の機能性配列を抽出し、第2の配列リスト記憶手段が、第1の機能性配列及び第2の機能性配列を含む第2の配列リストを記憶し、スコアリング手段が、第2の配列リストに対し、スコアリングを行い、機能性配列選択手段が、前記スコアリングの結果の上位の機能性配列を選択し、機能性配列記憶手段が、選択された前記上位の機能性配列を記憶し、前記出力装置が、選択された前記上位の機能性配列を出力する、機能性配列選択方法。

IPC (4件)：

C12Q 1/68 , C12M 1/00 , C12N 15/09 , G06F 16/245

FI (4件)：

C12Q1/68 , C12M1/00 A , C12N15/09 Z , G06F16/245

Fターム (8件)：

4B029AA23 , 4B029BB20 , 4B029FA15 , 4B063QA13 , 4B063QA20 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QS39

引用文献：

審査官引用 (3件)

ACS Synth. Biol. 2017年, Vol.6, p.2362-2365
frontiers in BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, 2014年, Vol.2, Article60 (p.1-23)
SCIENCE, 2016年, VOL.352, ISSUE6281, aac7341 (p.1-11)

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