特許
J-GLOBAL ID：202003007843818909
特異的分子インデックス(UMI)を有する冗長リードを用いたシーケンシングDNA断片におけるエラーの抑制
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (3件)：
杉村 憲司
, 杉村 光嗣
, 神 紘一郎
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2017-555568
特許番号：特許第6685324号
出願日： 2016年04月20日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 特異的分子インデックス(UMI)を用いてサンプルの核酸分子をシーケンシングする方法であって、各特異的分子インデックス(UMI)は、前記サンプル中の二本鎖DNA断片の個々の分子を特定するために用いることが可能なオリゴヌクレオチド配列であり:
(a)アダプターを前記サンプル中の二本鎖DNA断片の両末端に適用することによりDNA-アダプター産物を得るステップであって、前記アダプターはそれぞれ、二本鎖ハイブリッド領域、一本鎖5’アーム、一本鎖3’アーム、および該アダプターの一方の鎖または各鎖に物理的UMIを含み、前記物理的UMIは複数の物理的UMIから選択され、前記サンプル中の二本鎖DNA断片はそれぞれ、該二本鎖DNA断片の一方の鎖または各鎖に仮想UMIを含む、ステップと;
(b)前記DNA-アダプター産物の両鎖を増幅させて複数の増幅ポリヌクレオチドを得るステップと;
(c)前記複数の増幅ポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、それぞれアダプター上の物理的UMIに相当する物理的UMI配列および前記サンプル中の二本鎖DNA断片上の仮想UMIに相当する仮想UMI配列を含む複数のリードを得るステップと;
(d)前記複数のリードについて複数の物理的UMI配列を特定するステップと;
(e)前記複数のリードについて複数の仮想UMI配列を特定するステップと;
(f)前記サンプル中の二本鎖DNA断片の配列を、ステップ(c)で得られた複数のリード、ステップ(d)で特定された複数の物理的UMI配列、およびステップ(e)で特定された複数の仮想UMI配列を用いて決定するステップとを含み、
前記ステップ(f)は:
(i)二本鎖DNA断片のそれぞれについて、それぞれ前記複数の物理的UMI配列のうちの第1物理的UMI配列および前記複数の仮想UMI配列のうちの第1仮想UMI配列を含む第1の複数のリードを組み合わせて、コンセンサスヌクレオチド配列を決定するステップと;
(ii)前記コンセンサスヌクレオチド配列を用いて前記二本鎖DNA断片の配列を決定するステップとを含み、
前記複数の物理的UMIは非ランダムUMIを含む、方法。
IPC (4件)：
C12Q 1/6806 ( 201 8.01)
, C12Q 1/6869 ( 201 8.01)
, C12Q 1/686 ( 201 8.01)
, C12N 15/11 ( 200 6.01)
C12Q 1/680 Z
, C12Q 1/686 Z
, C12N 15/11 Z
