新生抗原の特定、製造、及び使用

発明者： , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (12件)：清水初志 , 春名雅夫 , 山口裕孝 , 刑部俊 , 井上隆一 , 佐藤利光 , 新見浩一 , 小林智彦 , 小寺秀紀 , 大関雅人 , 五十嵐義弘 , 川本和弥
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2019-567557
公開番号（公開出願番号）：特表2020-523010
出願日： 2018年06月08日
公開日（公表日）： 2020年08月06日
要約：

本明細書では、個人の腫瘍変異に基づいて決定される、アレル、新生抗原、及びワクチン組成物を決定するためのシステム及び方法を開示する。腫瘍から高品質のシークエンシングデータを得るためのシステム及び方法も開示する。さらに本明細書では、多型ゲノムデータ内の体細胞変化を同定するためのシステム及び方法について記載する。さらに本明細書では、治療に適した患者のサブセットを選択するためのシステム及び方法について記載する。腫瘍細胞の表面上に提示される新生抗原の推定数を示す有用性スコアが、その患者について特定された1つ以上の新生抗原候補に基づいて各患者について決定される。患者の前記サブセットは、決定された有用性スコアに基づいて選択される。選択されたサブセットの患者は、新生抗原ワクチンまたはチェックポイント阻害剤療法などの治療を受けることができる。最後に本明細書では、独自のがんワクチンについて記載する。【選択図】図13B

請求項（抜粋）：

治療に適した患者のサブセットを特定する方法であって、患者の腫瘍細胞及び正常細胞からエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも1つをそれぞれの患者について取得することであって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、前記腫瘍細胞からの前記ヌクレオチドシークエンシングデータと前記正常細胞からの前記ヌクレオチドシークエンシングデータとを比較することにより特定された新生抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を取得するために用いられ、前記患者についての各新生抗原のペプチド配列が、それを前記患者の正常細胞から特定された対応する野生型の親ペプチド配列とは異なるものとする少なくとも1つの変化を含む、前記取得することと、新生抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を、機械学習させた提示モデルに入力することにより、前記患者についての新生抗原の前記セットについての数値的提示尤度のセットをそれぞれの患者について生成することであって、各提示尤度が、対応する新生抗原が前記患者の腫瘍細胞の表面上の1つ以上のMHCアレルによって提示される尤度を表し、提示尤度の前記セットが、少なくとも質量分析データに基づいて特定されたものである、前記生成することと、前記患者の新生抗原の前記セットから1つ以上の新生抗原をそれぞれの患者について特定することと、前記患者についての前記1つ以上の新生抗原についての対応する提示尤度によって決定される、前記患者の腫瘍細胞の表面上に提示される新生抗原の推定数を示す有用性スコアをそれぞれの患者について決定することと、治療に適した患者のサブセットを選択することであって、前記の患者のサブセット内の各患者が、所定の組み入れ基準を満たす有用性スコアと関連する、前記選択することとを含む、前記方法。

IPC (3件)：

C12Q 1/688 , C12Q 1/686 , G16B 30/00

FI (3件)：

C12Q1/6886 Z , C12Q1/6869 Z , G16B30/00

Fターム (8件)：

4B063QA07 , 4B063QA19 , 4B063QQ02 , 4B063QR08 , 4B063QR62 , 4B063QS32 , 4B063QS34 , 4B063QX02

引用特許：

審査官引用 (1件)

個別化された新生物ワクチンの組成物及び方法
公報種別：公表公報出願番号：特願2016-507587 出願人：ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド, デイナファーバーキャンサーインスティチュート,インコーポレイテッド, ザジェネラルホスピタルコーポレイション

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